현행 비영리의료법인에 대한 감면은 장기간 감면되어 왔으며 경제·사회적 변화에 따라 국내 의료기관들은 대학병원이 중심이 되어 대형화, 전문화 등 수익성 위주로 변해가고 있어 지방세 감면수준에 대한 논의가 필요한 시점이다.
지방세 감면을 받고 있는 비영리의료법인인 의료법인, 학교법인(대학병원), 사회복지법인 의료기관, 종교법인 의료기관은 설립형태상 법적으로는 비영리법인이나 공공성을 규율하거나 공익성을 검증하는 제도적 장치도 없어 수익성과 공익성 측면을 볼 때 영리의료기관 및 지출을 위주로 하는 비영리법인에 비하여 과도하게 세제지원을 받고 있다는 논란이 제기되고 있다.
비영리의료법인은 미국의 비영리의료법인과 같이 지역사회 편익 제공, 취약의료 및 의료자선 등 공익적 역할을 수행하기 보다는 영리의료기관과 같이 수익성을 추구하고 있음에도 공익성을 인정하여 감면을 하고 있어 본 연구에서는 현행 감면제도에 대한 전반적인 검토가 필요하다고 판단되어 비영리의료법인에 대한 지방세 감면제도의 문제점과 합리적 개선방안을 제시해 보았다.
첫째, 비영리의료법인에 대한 감면수준을 축소하는 방안을 제시하였다. 현행 비영리의료법인에 대한 감면의 문제점은 감면의 만성화, 영리의료기관에 비해 과도한 세제지원, 지출을 위주로 하는 비영리법인과 동등하게 취급하는 문제, 새로운 감면수요 지원여력이 감소되는 문제가 있다. 우선 영리법인과의 공익성 및 비영리성을 비교 검토하고, 지출을 위주로 하는 비영리법인과 과세차별 필요성을 제시하였다. 비영리의료법인의 수익성에 관한 객관적인 근거를 제시하기 위하여 의료법인, 학교법인(대학병원), 사회복지법인 의료기관, 종교법인 의료기관 중 재무제표를 열람할 수 있는 종합병원급 이상의 의료기관에 대한 결산서를 이용하여 이익률과 당기순이익 규모를 분석한 후 비용처리한 고유목적사업준비금을 이익에 반영하여 실질적인 이익률과 당기순이익을 계산하여 보았다. 또한 고유목적사업준비금 반영전과 반영 후의 이익률의 변화를 t-검증과 Wilcoxon 순위 합 검증을 통해 그 차이의 유효성 여부를 실증분석 하였다. 분석 결과 분석대상 비영리의료법인은 고유목적사업준비금 조정 후의 의료수익경상이익율, 의료수익당기순이익율, 자기자본경상이익율, 자기자본당기순이익율, 총자본당기순이익율의 평균값과 중간값이 고유목적사업준비금 조정 전보다 크게 나타나 고유목적사업준비금 조정 후에 이익율이 증가하는 것으로 분석되었다. 이와 같이 비영리의료법인은 이익을 고유목적사업준비금으로 비용처리하는 의료기관 회계처리 구조상 적자나 낮은 수익률이 보고될 수 밖에 없으나 실질적으로는 의료서비스 제공을 통한 높은 수익을 추구하고 있어 과세형평성을 위해 지방세의 일부 과세 전환이 필요하다는 것을 알 수 있었다. 비영리의료법인의 공익성 및 비영리성 측면에서 영리의료기관과 비교 검토하고, 결산서를 이용한 수익성 분석자료를 근거로 지방세 감면 축소 방안을 실현가능한 합리적인 대안으로 두 가지로 압축하여 제시하였다.
둘째, 대학부속병원과 사회복지법인 의료업을 수익사업의 범위에 포함하여야 할 것을 제시하였다. 비영리의료법인의 수익사업과 관련한 문제점은 고유목적사업과 부대 수익사업의 범위가 혼재되어 있고, 비영리의료법인간 수익사업의 범위를 차별하는 문제가 있다. 이에 대하여 수익사업법위에 대한 법 체계 조정 방안과 수익사업의 범위를 통일하여야 하는 논리적 근거를 제시하였고 대학부속병원과 사회복지법인 의료기관이 의료사업으로 인한 수익금을 교육이나 복지에 어느 정도 기여하고 있는지를 검토하기 위하여 결산서상 확인 할 수 있는 대학병원의 법인 전출금을 실제로 분석함으로써 논리적 설명력을 높였다.
셋째, 지원목적에 맞지 않는 세목에 대한 감면을 축소하여야 할 것을 제시하였다. 현행 지원목적사업과 관련성이 적은 목적세에 해당하는 세목이나 지원 실효성이 미미한 세목에 대한 감면을 하고 있어 감면대상 세목이 지나치게 많고 조세체계를 복잡하게 하고 있다. 이에 대한 개선방안으로는 목적세는 행정수요 유발에 대한 원인자 비용부담 차원에서 과세하는 세목이며 비영리의료법인의 고유목적사업과는 관련성이 적은 세목이므로 목적세에 대한 감면을 폐지하여야 한다. 또한 주민세 재산분과 지방소득세 종업원분을 감면하고 있는 규정은 지원 실효성이 낮으므로 이들 세목에 대한 감면을 축소 논리를 제시하였다.
본 연구에서는 비영리의료법인별로 외부에 공고된 결산자료를 이용하여 고유목적사업준비금을 반영한 실질 이익을 분석함으로써 감면 축소방안을 마련하였다는 점에서 의의가 크고, 법인 전출금을 분석함으로써 타 비영리의료법인과 수익사업의 범위를 차별할 필요성이 적다는 것을 객관적으로 입증하였다. 실증분석을 통한 감면 축소 방안은 비영리의료법인에 대한 지방세 감면 정책 수행시에 충분히 활용될 수 있다는데 공헌이 있다 하겠다.