오늘날 조세제도는 사회·경제적 국가정책에 중요부분을 차지하고 있다. 조세는 법률에 규정 된 과세요건을 충족한 모든 자에게 개별적인 반대급부 없이 부과·징수하는 것이기 때문에 국민들 사이에 조세의 부담이 공평하게 배분되어야 한다. 특히 주식 등 유가증권의 양도로 인한 자본이득(capital gains)에 대한 과세문제는 공평과 효율성의 측면에서 오랫동안 논의되어 왔다.
우리나라는 현행 소득세법에서 주식관련 자본이득 과세에 대하여 대주주가 양도하는 주권상장법인의 주식, 비상장주식, 특정주식, 부동산 과다보유법인의 주식, 비사업용 토지 과다보유법인의 주식을 양도소득세 과세대상으로 하고 있다. 이와 같이 우리나라는 자본시장 육성이라는 정책적인 측면을 고려하여 주권상장법인의 주식에 대하여는 대주주가 양도하는 주식 및 장외거래 주식에 대하여만 과세되고 있는 실정이다.
따라서 본 연구의 목적인 우리나라 주식관련 자본이득과세에 대한 합리적인 과세방법을 검토하기 위하여 자본이득과세제도의 현황 및 문제점을 주요 외국의 과세제도와 비교·검토하겠다. 또한 현행 우리나라 과세제도의 개선방안을 제시하고 다음과 같이 우리나라의 실정을 고려한 합리적이고 실행가능한 자본이득과세제도가 마련되어야 할 것임을 제안한다.
첫째, 조세의 공평성 측면에서 대주주 이외의 자가 양도하는 주권상장법인의 주식에 대하여 주식시장에 미칠 영향을 최소화하면서 점차 과세범위를 확대하여 최종적으로는 모든 주주에 대하여 과세함으로서 조세의 공평성이 구현될 수 있어야 할 것이다.
둘째, 토지·건물 등 부동산에 대하여는 양도차익의 10%~30%에 해당하는 금액을 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득금액을 계산하고 있으나 주식양도에 대하여는 이러한 장기보유특별공제가 없어 장기보유를 유도하는데 미흡하므로 이에 따른 세제 도입이 필요하다 할 것이다.
셋째, 주권상장법인의 주식에 대한 양도차익에 전면적으로 과세가 시행될 경우 그 동안 이중과세 논란이 되어 왔던 양도소득세와 거래세의 동시 부과 문제가 다시 한 번 제기 될 것으로 예상됨에 따라 증권거래세를 점진적으로 폐지해야 할 것이다.
넷째, 미실현이익에 대한 증여세 과세제도인 '비상장 주식 등의 상장 등에 따른 이익의 증여' 규정과 '합병에 따른 상장 등 이익의 증여'를 폐지하고 상장된 주식을 양도하는 시점에 자본이득인 양도소득세를 과세하도록 하여야 할 것이다.
다섯째, 특수관계자간에 상장주식을 보유한 비상장법인의 주식양도에 대하여 소득세법에 의한 부당행위계산 규정 적용 시에도 법인세법과 동일하게 그 상장주식의 평가방법은 양도일 현재 한국거래소의 최종 시세가액에 의하는 것으로 개정하는 것이 세법간의 일관성을 유지할 수 있을 것이다. 이에 따라 양도일 현재 시가를 예상할 수 있으므로 정상적인 거래가액으로 거래하고도 부당행위계산규정이 적용되는 문제점을 방지할 수 있을 것이다.
중요한 것은 하루아침에 갑자기 제도를 변경하는 것이 아니라, 제도 변경의 충격을 일정 기간에 걸쳐 분산시킬 수 있는 도입 방안의 설계이다. 이러한 점진적인 변화는 적어도 수년의 기간이 필요한 만큼 제도 도입을 위한 첫단계는 빠른 시일 내에 시작하더라도 무방하다고 본다.