특별교부세 배분은 그 기준이 모호하고 집행과정이 자의적이고 정치적인데다가 사용내역마저 공개되지 않아 투명성과 국민참여의 원칙 등을 규정한 국가재정법 상의 예산원칙들에 반한다는 지적이 많았다. 본 논문은 전국 234개 시·군·구의 2003-2006년 4개년도 특별교부세 자료를 이용하여 특별교부세 배분에 영향을 미치는 요인들에 대한 실증 분석을 시도하였다. 지역별 특별교부세 총액에서 비정치적으로 결정된다고 볼 수 있는 재해대책수요분과 그 잉여분을 이용한 우수단체재정지원분을 뺀 나머지를 종속변수로 하여 분석하였다. 그 결과 행정구역 가변수와 지역인구와 같은 사회경제적 변수들과 더불어 행정자치위원회 소속 지역구의원 포함여부, 지역구의원수와 같은 정치적 변수들도 중요한 요인들로 파악되었다. 이로써 그동안 의혹만 난무하던 특별교부세 배분의 정치성을 실증 분석을 통해 확인할 수 있었다.