우리나라의 형사소송법은 검사의 공소권의 기초가 되는 기소독점주의와 기소편의주의를 채택하고 있다. 검사의 공소권은 바로 검찰조직의 폐쇄성과 관료주의적·권위주의적 특성으로 인해 막강한 검찰권력의 핵심요소가 되었다. 이는 검사의 기소재량권의 부당한 행사와 더 나아가 검찰사법에 대한 일반국민의 불신을 초래하였다. 이로써 검사의 기소재량권의 정당한 행사를 통한 검찰사법에 대한 국민의 신뢰의 회복이 절실히 요구된다.
재정신청의 전면확대를 채택하고 있는 개정 형사소송법에 따르면, 검사의 기소재량권을 통제하기 위한 다양한 수단 - 예컨대 검찰항고제도, 재정신청제도, 헌법소원 등 - 이 존재한다. 그러나 이러한 현행제도들은 각 제도가 가지고 있는 흠결과 특히 사후적 통제로서의 한계 때문에 검사의 기소재량권을 충분히 통제할 수 없는 상태이다, 외국 선진국들 또한 검사의 기소재량권을 통제하기 위한 다양한 제도 - 즉, 기소강제절차 (독일), 사소제도 (독일, 영국, 프랑스), 기소배심제도 (미국), 검찰심사회 (일본) 등 - 를 채택하여 운용하고 있다. 검사의 기소재량권에 대한 통제와 관련하여 중요한 것은 바로 근대 형사소송의 이념인 공적 소추체계의 유지와 사법개혁의 관점에서의 사전적·민주적 통제이다. 사법개혁의 본질인 사법의 민주화라는 관점에서 볼 때, 일반국민이 검사의 기소단계에 직접 참여하여 검사의 기소재량권을 민주적으로 통제할 수 있어야 할 것이다. 앞에서 언급된 통제제도 중에서 이러한 조건에 가장 잘 부합하는 제도가 바로 기소배심제도이다. 기소배심은 또한 검사의 기소재량권에 대한 효율적이고 예방적이며 민주적인 통제에 매우 적합하고 합리적이다. 이러한 차원에서 접근할 경우 검사의 기소재량권에 대한 합리적이고 민주적인 통제는 사건의 성질, 법정형 등을 고려하여 그에 적합한 통제체계을 확립하여 운용하는 방식이 매우 합리적이고 타당할 것이다. 생각건대 현행법상의 사후적·사법적 통제방식과 새로운 사전적·민주적 통제방식, 즉 국민이 기소단계에 직접 참여하는 의결방식인 기소배심제도를 결합한 2원적 통제체계가 검사의 기소재량권에 대한 합리적이고 민주적인 통제에 가장 잘 부합하는 방식이라고 할 것이다. 다시 말해서 정치적 영향력이 강한 형사사건, 형사소추의 공익성이 강한 형사사건 또는 개인적 법익과 관련된 중한 형사사건의 경우에는 기소배심제도가 적용되며, 기소배심의 대상사건이 되지 않는 형사사건의 경우에는 검찰항고→재정신청→헌법소원 (고소사건의 경우)과 같은 사후적·3심제적 통제방식과 항고→재항고 (고발사건의 경우) 또는 재정신청→헌법소원 (고소나 고발을 하지 않은 범죄피해자의 경우)과 같은 사후적·2심제적 통제방식이 적용된다. 이러한 2원적 통제체계가 효과적으로 작동되기 위해서는, 남고소 또는 남재정신청에 의해 형사사법기관의 과중한 업무부담이 야기되지 않도록 집중심리제도의 활성화로 인한 민사소송의 신속화 및 저비용화, 민사조정제도의 적극적인 활용, 민사소송절차에서의 형사사건기록의 증거채택 제한, 사건당사자의 감정적 대응을 완화하기 위한 민원전담제의 적극적인 도입, 무고죄의 엄격한 적용, 재정신청의 대상처분으로서 검사의 불기소처분의 범위 축소 등의 제도적 개선이 반드시 수반되어야 함을 유념해야 할 것이다.