PCB를 기반으로 하는 PCR 칩과 이를 위한 효율적인 제어 시스템을 제안한다. 제안한 PCR 칩은 PCB 패턴 히터와 팬을 이용하여 온도를 제어하고 표면 실장형 써미스터를 장착하여 온도를 측정한다. PCB 위에 슬라이드 글라스, 양면테이프, 그리고 PET 필름 등을 이용하여 챔버를 구성한다. 칩 구동에 필요한 기능과 호스트와 지역시스템으로의 기능 분할에 대하여 정성적으로 분석하였다. 분석결과 대부분의 기능이 호스트에서 구현 가능하여 개발기간, 가격, 유지보수 차원에서 유리함을 얻을 수 있었다. PC를 호스트로 채택하고 표준 인터페이스인 USB 인터페이스로 지역시스템을 연결하여 우수한 개발환경과 사용자 인터페이스 디자인 환경을 이용할 수 있었다. 제안한 시스템을 인두유종바이러스 DNA에 적용하여 증폭 성능을 확인하였다.A new PCB-based PCR chip with its efficient control system is presented. The temperature of the chip is controlled by a heater patterned on the PCB and a fan. And it is measured using the SMD (surface-mounted device) type thermistor attached onto the PCB. The chamber is constructed on the PCB with slide glass, double-sided adhesive tape, and polyethylene terephthalate film. The chip control functions and their partitioning into the host computer and the local system are qualitatively analyzed. In results, most functions can be resided in the host computer to deliver benefits such as reduction of developing period and system cost, and easy maintenance. The control system was implemented with PC as the host and the local system was connected by USB interface, obtaining superior environment in development and GUI design. The proposed system was tested for amplification of Human Papoilloma Virus DNA, and it was successfully operated.