본고에서는 한국과학기술기획평가원(KISTEP)에서 매년 수행하고 있는 『연구개발활동조사보고』의 2003년∼2007년 자료를 이용하여 정부의 연구개발지원의 효과에 관한 실증분석을 수행하였다. 여기서 연구개발 정부지원금의 효과라 함은 정부로부터 연구개발지원금의 수령 여부가 민간기업의 자체 연구개발투자에 주는 효과를 말한다. 본고에서는 특히 민간기업에 대한 정부의 연구개발지원금 결정과정과 그에 입각한 정부지원금의 수혜 효과를 동시에 고려하는 실증 모형을 제시하였다. 본고에서는 내생적인 더미 변수 문제를 통제함수(control function)를 이용하여 해결하는 방안을 제시하였다. 본고에서 제안한 추정방법은 3단계로 구성되는데 1단계에서는 정부지원금의 결정과정을, 2단계에서는 1단계의 결과를 활용하여 정부지원금 수령의 효과를 얻는다. 3단계에서는 추정치를 설명변수로 사용하면서 얻어지는 표준오차를 부츠트랩(bootstrap)을 이용하여 수정한다. 실증분석 결과 정부의 연구개발지원금은 민간기업의 자체연구개발투자를 축소시키는 방향으로 작용한 것으로 나타났다. 아울러 연구개발지원금 결정과 관련하여 과거 연구개발지원금 수혜를 받은 기업이 계속 받을 가능성이 높은 것으로 나타났다. 기업들의 매출액이 적을수록 정부의 연구개발지원금 수령가능성이 높아지는 경향을 보였는데, 이러한 현상은 특히 벤처기업에서 강하게 나타났다.