본 연구의 목적은 우리나라 문화체육관광부 소관 공익법인에 대한 과세제도의 문제점과 개선방안을 제시함으로써 공익법인의 안정적인 공익활동을 모색하는 데 있다. 연구방법으로는 국내외 관련 문헌연구 및 법인실무자와 세무전문가 인식도 조사방법을 사용하였다. 수집된 설문자료의 통계분석방법은 빈도분석, 교차분석, 비모수통계인 Mann-Whitney의 U검정을 사용하였다. 연구결과, 법인세 및 양도소득세에서는 법인실무자와 세무전문가 양 집단간에 통계적으로 유의적인 차이가 나타나 공익법인 과세제도에 대한 인식이 집단별 입장에 따라 다른 것을 알 수 있다. 그러나 상속세 및 증여세, 납세협력 등에서는 양 집단간에 유의적인 차이가 없는 것으로 나타나 유사한 과세인식을 하고 있음을 알 수 있다. 개선방안으로는 첫째, 공익법인의 수익사업은 과세하고 고유목적사업부분은 비과세로 구분 경리하여야 하며, 고유목적사업과 관련한 지출에 대해 규제보다는 모든 비용을 손금으로 인정해야 한다. 둘째, 이자소득에 대한 법인세 원천징수의무를 면제하고, 토지 등을 양도하는 경우 양도차익분을 직접 고유목적사업재원으로 편입하여 재정적인 안정을 도모해야 한다. 셋째, 상속세 및 증여세법상 주식 출연행위를 원천적으로 제한하기보다는 사후관리를 철저히 하여 조세회피 행위를 방지해야 한다. 넷째, 부가가치세를 면제하여 고유목적사업에 사용할 수 있게 하여야 한다. 다섯째, 외부전문가의 세무확인, 결산서류 공시, 장부의 작성․비치 등을 통해 공익법인의 투명성․공정성을 확보하여야 한다. 여섯째, 사립박물관 특례법을 제정하여 상속세 및 증여세 과세 제외, 고유목적사업준비금 손금산입 등 조세지원을 통한 과감한 정책이 필요하다. 본 연구는 그 동안 선행연구가 전무하였던 문화체육관광부 소관 공익법인의 과세제도를 처음으로 실증연구를 시도하였다는 점에서 의의가 있다고 판단된다. 본 연구에서 제시한 세제상 개선방안이 정부의 공익법인과 사립박물관을 활성화할 수 있는 정책 개발에 기여할 수 있을 것으로 기대한다.This study is to provide an overview of Korea’s tax system related to public service organizations and tax benefits for private museums and to discuss related concerns and their possible solutions. Following is the summary of the findings of the study:First, the scope of profit-making businesses by a public service organization should be limited to those generating sustainable, repetitive business incomes and the interest paid to a public service organization should be exempt from withholding tax so that the entire interest income can be used for its proper business purpose. Second, a unified accounting standard is needed to facilitate tax verification with respect to public service organization by outside experts and administer the scheme in a reasonable and objective manner. Third, for the case of gift to private museums established and run by individuals, among private museums registered under the article 16 of the Museum and Art Museum Support Act, the support should be provided to private museums in poor conditions by enacting a law such as tax exemption from inheritance tax and gift tax.