한국이 체결하고 있는 FTA투자규칙에는 투자유치국의 정당한 환경보호규제 권한을 보장하는 규정과 동시에 외국인투자를 보호하기 위해 환경보호규제를 제한하는 규정들이 다수 포함되어 있다. 당사국들에게 이러한 규정들은 국제법적 권리이자 동시에 의무로서의 역할을 하게 되는데 이는 동전의 양면과 같이 항상 함께 존재해야 하고 함께 이행되어야 하는 관계에 있다. 그러한 이유로 FTA 투자규칙상 환경 관련 규정을 국내적으로 이행함에 있어 다소의 문제를 발생할 수 있는 것으로 보인다. 이는 기존의 국제투자관련 분쟁사례에서 확인되듯이 환경보호를 이유로 한 규제정책이 외국투자자들에 대한 권리침해 문제로 소송의 대상이 되는 경우가 종종 발생하고 있기 때문이다. 따라서 우리나라가 이미 체결하고 있는 FTA 투자규칙 뿐만 아니라 향후 우리나라가 다수의 국가들과 FTA를 통해 투자 분야를 개방하게 되는 경우 FTA 투자규칙상의 환경 관련 조항들과 관련해서 발생하게 될 분쟁가능성에 대해 대비할 필요가 있다. 한국이 체결한 FTA 투자규칙의 국내적 이행과 관련한 분쟁에 대비하기 위해서는 다음과 같은 사항들이 고려될 필요가 있다.
우선 환경정책을 입안하고 집행하는 전 과정에서 투명성원칙을 고려하고, 이와 관련하여 환경보호규제에 대한 모든 정보들에 외국투자자들이 접근할 수 있는 제도적 절차도 함께 보장될 필요가 있다. 특히 국제투자분쟁례에서 투명성원칙을 충족시키지 못하여 최소기준대우에 위반된다는 사례가 있었다는 점을 고려할 때 반드시 외국투자자와 관련된 환경정책의 입안 및 집행과 관련하여 투명성의 제고가 필요하다. 또한 환경관련 정책의 집행에 있어서는 투자자의 합리적 기대가 훼손되지 않도록 일관된 방식으로 진행되어야 하고, 합리적 이유 없이 환경정책이 수정되는 경우에도 투자자의 합리적 기대가 침해될 수 있으므로 환경정책의 수정에 대한 합리적 명분을 갖추어 분쟁에 대비할 필요가 있을 것이다. 한편 국제투자분쟁례를 살펴보면 BIT와 FTA 모두와 관련하여 분쟁이 발생하고 있다. 그러나 BIT와 FTA의 적용대상과 원칙, 지향하는 목적들이 조금씩 상이하기 때문에 예전에 BIT에 근거해서 다루어진 판정이 상황에 따라 FTA에서 동일한 쟁점으로 다루어지지만 그 판정의 법리가 달라지는 경우가 종종 발생하고 있다. 우리가 국제투자분쟁기관의 법리 적용 및 운영과 관련한 태도의 변화에 적응하고 관련 분쟁에 대비하기 위해서는 환경보호규제가 문제된 투자분쟁례에서 투자보호 및 정당한 환경조치 규정들과 관련된 구체적 적용 법리를 조사·분석하고, 관련 자료를 축적할 필요가 있을 것이다.