국내 서식하는 동양종꿀벌(A. cerana) 과 서양종꿀벌(A. mellifera carnica, A. mellifera caucasica and Apiscerana.)간의 미토콘드리아 유전자(mtDNA)중 cytochrome b (cytb)에 대한 염기서열 변이를 알아보 았다. 미토콘드리아의 유전적 차이는 유전자를 PCR하고 제한 효소처리를 통해 유전자간의 polymorpism을 확인 하는 PCR-RFLP 법을 이용 하였으며, cloning 및 염기서열 분석을 통해 최종적으로 유전자간의 염기서 열을 확인 하였다. cytochrome b (cytb)의 PCR 증폭에 사용한 primer는 Delarua 등(1998)의 방법을 따랐으며, PCR 산물은 HinfI와 DraI 제한효소로 처리하였다. 그 결과 HinfI와 달리 DraI에서 polymorpism을 보이는 것을 확인할 수 있었으며, 염기서열 분석을 통해 A. m. carnica 와 Apis cerana의 cytochrome b(cytb)의 378 bp 부위에 DraI 인식부위가 존재하는 것을 확인할 수 있었다. 이들 유전자에 대한 homology tree 분석을 통한 결과 A. cerana는 A. m. carnica, A. m. caucasica, A. m. ligustica와 각각 89.0%, 88.6% and 88.6%의 상동성을 보이고 있었다. 이를 통해 동양종과 서양종꿀벌 간의 cytochrome b (cytb) 유전자의 확연한 차이를 확인 할 수 있었으며, 서양종꿀벌에 속하는 A. m. carnica, A. m. caucasica 와 A. m. ligustica 간에는 변이 정도가 거의 없으나, A. m. carnica 에서는 약간의 유전적 변이가 존재하는 것을 확인 할 수 있었다.This study investigated to find a variation of the mitochondrial DNA (mtDNA) in honey bee, A. cerana and Apis mellifera, which have been mainly cultured in South Korea. The mtDNA was analyzed by PCR-RFLP; a technique consists in amplifying mitochondrial DNA by PCR and subsequent digestion by restric-tion enzyme. Amplified Cytb-tRNAser intergenic region from A. m. carnica, A. m. ligustica (Italian) and A. m. caucasica in Apis mellifera and Apis cerana showed different restriction enzyme pattern in digesting with DraI. Sequence analysis determined sequences of cytochrome b (cytb) showed a C↔T transition at position 378bp which creates the additional DraI restriction enzyme site in A. m. carnica and Apis cerana. Cytb region phylogenetic analysis has contributed clarifying relationships between Apis mellifera and A. cerana.