본 연구는 우리나라 해운선사를 대상으로 DEA Malmquist 생산성 지수와 BSC를 결합하여 BSC관점에서 3단계 효율성을 평가하고, 연도별 생산성 변화를 분석하였다. 우리나라 23개 해운선사를 대상으로 최근 5년(2009년~2013년)간 자료를 기초로 실증 분석한 결과, 1단계 학습 및 성장-내부프로세스 생산성은 벌크선, 컨테이너선 및 탱커선 해운선사에서 각각 매년 13.7%, 8.0%, 10.7% 하락한 것으로 나타났다. 2단계 내부프로세스-고객 생산성은 벌크선과 컨테이너선 해운선사에서 각각 매년 3.1%, 3.4% 상승한 것으로 나타난 반면, 탱커선 해운선사에서는 매년 0.4% 하락한 것으로 나타났다. 3단계 고객-재무 생산성은 벌크선 해운선사에서 매년 15.7% 하락한 것으로 나타난 반면, 컨테이너선과 탱커선 해운선사에서는 각각 매년 5.9%, 4.7% 상승한 것으로 나타났다. 본 연구는 이러한 결과를 기초로 해운선사에게 벤치마킹관리를 통한 생산성 향상을 위한 시사점을 제공한다.