태조 초에 건립된 장생전은 공신들의 도상과 태조의 어진을 봉안하기 위한 설치되었다. 장생전의 그러한 기능이 태종대에도 계승되었으나 태종이 임금과 신하가 하나의 공간에 함께 있는 것을 문제삼았다. 장생전을 사훈각으로 개칭했고, 이때 장생전이 철훼되었다. 그러다가 세종대에 이르러 장생전 옛 터에 수기의 보관과 제작을 위해 새로 건물을 지었고, 그 건물을 장생전이라고 일컬었다. 동일한 관서명이지만 그 기능은 태조․태종대와 세종대가 명백하게 달랐다.
한편, 조선은 초기부터 신민들의 관곽을 담당하고 있는 관서로 귀후서가 있었다. 적어도 세종대부터 광해군대까지 장생전과 귀후서는 업무가 비슷했다. 하지만 장생전의 관곽은 국왕이나 왕후, 세자, 세자빈 등이 죽었을 때 제공되었고, 귀후서 소장의 그것은 이들 이외의 사람들이 죽었을 때 지급되었다.
그러다가 인조대 이후부터 장생전 소재 관곽은 다양한 신분들에게도 제공되었다. 장생전에서 귀후서의 업무까지 담당하게 되면서 귀후서의 기능은 점차 축소되어 갔다. 급기야 1777년에 귀후서가 혁파되면서 장생전이 단일 기관으로 그 업무를 전담했다. 장생전의 위상이 변화했고, 1785년에 편찬된 대전통편에 장생전과 관련한 규정이 성문화되었다.
마지막으로 장생전의 위치 변화이다. 처음에 궁궐의 서쪽에 있다가 임진왜란 이후 경복궁 동문 밖에 있던 옛 종묘 자리에 마련되었다. 그 뒤 인평대군의 제택이었던 석양루가 쇠퇴하면서 이곳에 장생전이 설치되었다가 어느 시기에 북부 관광방으로 옮겨졌다. 그 뒤 적어도 1914년 이후부터는 다시 동부 이화동으로 옮겨간 것이 확인된다.