합병방식을 활용하여 중소기업의 경영권을 승계하기 위한 절차를 추진하기 위해 우선 경영승계를 하게 될 매수회사가 승계대상인 중소기업의 오너 경영자로부터 3분의 2 이상의 주식을 취득한다. 그 후 당사회사의 대표자 간에 흡수합병계약을 체결한 다음 각 회사의 주주총회 특별결의를 거쳐 합병을 승인한다. 합병 후 존속회사를 후계자에게 승계시키기 위하여 대상회사의 잔존 소수주주를 축출하는 방식으로 합병을 추진한다. 2011년 개정상법에서 합병대가가 유연화 되어 소멸회사의 주주에게 존속회사의 주식을 교부하지 않고 금전이나 그 밖의 재산을 교부할 수 있게 되었다(교부금합병, 제523조 제4호). 따라서 소멸회사의 잔존 소수주주에게 존속회사의 주식 대신에 금전을 교부하여 이를 축출(cash out)함으로써 잔존 소수주주나 경영승계인이 아닌 주주를 배제하여, 잔존 소수주주의 간섭을 배제하고 경영을 안정시킬 수 있게 된다.
교부금합병은 합병대가를 유연화 함으로써 기업구조조정을 촉진하는 장점은 있지만, 반면 소멸회사의 소수주주의 이익을 침해할 우려가 있기 때문에 소수주주의 보호가 중요한 문제로 된다. 교부금합병을 하면 지배주주의 매도청구제도의 지배주주 요건인 95%의 지분보유를 충족하지 않더라도(제360조의24 제1항) 소수주주를 축출할 수 있어서 소수주주의 축출제도의 적용범위가 확대되었다. 소수주주는 공정한 가액으로 보상이 이루어져야 하지만 공정한 가액의 판단기준과 산정에 어려움이 제기된다.
합병과정에서 존속회사가 소멸회사의 오너 경영자로부터 의결권 있는 주식의 3분의 2를 초과하여 90% 이상을 취득한 때에는 간이합병의 요건을 충족하여 소멸회사의 주주총회 승인은 이사회의 승인으로 갈음할 수 있다(제527조의2 제1항).
존속회사가 소멸회사의 주식을 90% 이상 취득하더라도 소멸회사인 피지배회사가 공개회사이면서 종류주식 발행회사가 아닌 경우 즉, 소멸회사가 공개회사이면서 1종류의 주식만을 발행하고 그 주식에 양도제한이 없는 때에는, 합병대가로 소멸회사의 주주에게 양도제한주식을 교부한 경우는 간이합병 절차에 의하지 않고 주주총회에서 합병승인결의가 요구된다는 규정을 둘 필요가 있다. 만일 이러한 경우에 간이합병 절차를 따르게 되면 소멸회사의 주주총회 결의 없이 소멸회사의 주식에 대해 새롭게 양도제한을 하는 것과 같은 결과가 되며, 소멸회사의 주주는 환가가 어려운 양도제한주식을 교부받게 된다.
소멸회사가 종류주식 발행회사인 경우에 합병대가의 전부 또는 일부가 양도제한주식인 때에는, 흡수합병은 주주총회 특별결의 이외에 당해 양도제한주식을 교부받은 종류주식 주주의 종류주주총회의 결의가 없으면 그 효력이 발생하지 않도록 규정할 필요가 있다. 이때에는 양도제한주식을 교부받은 특정한 종류주식의 주주에게 손해를 미칠 우려가 있기 때문이다.
간이합병 절차를 추진하는 경우 소수주주 보호절차가 더 중요하다. 우리나라의 경우 이사나 지배주주의 충실의무가 인정되지 않는 실정이므로 조직재편에 반대하는 소수주주의 보호를 위하여 사전적인 유지청구제도의 도입이 절실하다.
사전적인 조직재편의 유지청구제도를 ⅰ) 회사의 조직재편이 법령 또는 정관을 위반하고 주주가 불이익을 입을 우려가 있는 경우에는 모든 통상적인 조직재편 전체에 대하여 인정하고, ⅱ) 조직재편의 대가나 배정에 관한 사항이 회사의 재산상황 기타 사정에 비추어 현저하게 부당하고 주주가 불이익을 입을 우려가 있는 때에는 간이조직재편에만 인정하는 형태로 입법할 필요가 있을 것이다.
그 이외에도 지배주주의 매도청구권(제360조의24), 주식병합(제440조 내지 제443조) 등의 경우에도 사전적인 유지청구제도를 도입할 필요가 있을 것이다.