본 연구는 법인지방소득세의 세액계산구조에 대한 개정 지방세법의 과세실무상의 문제점 중에서 연결납세제도를 적용하는 연결법인들의 개별적인 법인지방소득세 납부세액 계산방식을 합리적으로 규정함으로써 개정 지방세법을 추가적으로 보완하는 세부적인 조세제도의 개편방안을 분석하였다. 이와 함께 지방세법상 외국납부세액의 과세표준 차감 규정이 도입되지 않았으면서 법인세법상 외국납부세액의 세액공제와 손금산입 간의 선택적 적용이 가능했던 2014년~2017년에 대한 법인지방소득세의 합리적 환급방안도 동시에 분석하였다.
2021년의 지방세법 개정 및 환급결정에서는 법인지방소득세의 과세표준 계산특례를 통해 외국법인세액을 과세표준에서 차감하도록 하였다. 따라서, 연결납세제도의 세액계산구조에서 지방세법상 과세표준 계산특례를 반영하기 위해서는 연결법인별 과세표준→산출세액의 단계에서 연결법인별 과세표준에 대한 차감조정(과세표준 단계 차감조정)이 이루어져야 할 것이다. 단, 동(同) 계산특례가 손금산입 방식과 사실상 동일하게 취급하는 것을 고려하면 연결납세제도의 세액계산구조를 시작하는 단계에서 외국법인세액을 반영한 연결법인별 소득금액 자체의 차감조정(소득금액 단계 차감조정)을 대체적으로 고려할 수도 있다. 또한, 과세표준 단계 차감조정의 경우는 외국법인세액의 안분방법에 따라 다시 세부적으로 3가지의 계산방법으로 구분할 수 있다.
연결납세방식에서 외국법인세액과 관련한 연결법인들의 4가지의 가능한 법인지방소득세액 계산방식들 중에서 먼저, 개정 지방세법이 시행되는 2021년 이후에는 법인지방소득세에서 과세표준 계산의 특례를 통해 외국법인세액을 손금산입한 금액만큼 과세소득이 감소하는 효과를 고려하면 소득금액 단계 차감조정이 개념상 타당하다고 할 수 있다. 이와 함께 신고대상 납세자의 편의를 고려하면 연결법인별 연결과세표준을 소득금액 단계 차감조정과 기본적으로 동일하게 유지하되, 연결법인별 연결과세표준에서 외국법인세액을 개별적으로 차감하는 대신 연결과세표준에서 연결집단 전체의 외국법인세액을 일괄적으로 차감하는 것을 고려할 수 있다.
다음으로, 개정 전 지방세법이 시행된 2014년~2020년에는 외국법인세액이 있는 법인의 세액공제 및 손금산입 방식의 선택적 적용과 무관하게 법인지방소득세의 부담이 동일해지는 측면을 고려하면 합리적 환급방안도 개정 지방세법이 시행되는 2021년 이후의 개편방안과 기본적으로 동일하게 적용할 수 있다. 단, 동(同) 기간에는 2021년 이후의 개정 지방세법에서 반영하는 법인지방소득세에서 과세표준 계산의 특례를 통해 외국법인세액 손금산입액만큼 과세소득을 감소시키는 효과가 명시적으로 적용되지 않았기 때문에 연결법인별 연결과세표준의 동일성 유지의 제약과 무관하게 연결법인별 결손금을 소득금액이 있는 연결법인들에게 배분한 결과에 따라 연결과세표준을 계산한 후에 연결과세표준의 연결법인별 가상적 배분액에서 외국법인세액을 차감한 결과에 따라 최종적인 연결과세표준을 계산하는 세액계산방법도 허용할 수 있다.