일본의 패전 후, GHQ는 재일조선인을 점령정책의 방해자로 인식하고 재일조선인 문제를 처리하고자 했다. 따라서 GHQ의 재일조선인에 대한 방침은 기본적으로 본국으로 귀환을 장려하고, 일본에 잔류한 재일조선인은 일본 국민으로 취급하여 엄격하게 관리하고자 했다. 그리고 1946년까지 재일조선인이 행하는 암시장이나 밀무역이 일본 사회에 미치는 영향에 대한 우려가 1948년이 되면서 불법 이민과 불온한 사상 즉 공산주의 사상의 침투로 바뀌었다. 이는 아시아태평양 전쟁 이후, 동북아시아에 고착되어가는 냉전으로 인해 이데올로기로 인한 갈등이 커졌기 때문이다. 그리고 재일조선인이 전쟁 시기에 차별을 받은 계층이었기 때문에 공산주의 사상을 받아들이기 쉬운 성격을 가지고 있으며, 일본에서 생활하면서도 한반도의 정세에 민감하게 반응하고 있기 때문이라고 경계했다.
따라서 이 시기에 재일조선인에 대한 점령 정책과 냉전 정치와의 관계가 밀접하게 연결되어있다. 실제로 한반도에서의 재입국자 유입과 미국의 점령 정책에 대한 정치적 반대 운동이 고조된 시기가 우연히도 동시에 발생하여 점령군의 경계는 더욱 강해졌다. 이에 1948년 중반이 되자, 점령군과 일본 정부는 보다 엄격한 국경 통제를 위해 재입국자에 대해 재판 없는 추방과 ‘외국인’에 대한 강제적인 등록 제도를 신설하였다. 그러나 이러한 등록령에도 밀입국자에 의해 재일조선인은 한반도의 정세에 영향을 받았고, 조련의 활동은 더욱 활발해져 GHQ와 대립하게 되었다.
결국, 1949년 7월에는 일본 정부의 법무부 특별심사국이 조련의 활동을 위험시하는 보고서를 GHQ에 제출했다. GHQ도 이에 동조하여 약 두 달 뒤에 조련 해산의 지시를 일본 정부에 하달하였다. 그리고 1950년 6월 한국전쟁이 발발하자 GHQ 및 일본의 치안당국은 재일조선인을 이전보다 더 ‘반공치안문제’의 대상으로 바라보게 되었다. 이는 미·소를 중심으로 하는 국제냉전구조가 일본 국내에서는 체제(보수세력)·반체제(공산당)에 의한 국내 냉전으로 정치화하였고, 한편으로는 재일조선인의 내부에서도 ‘민족 내 냉전’으로서 정치화하였기 때문이다.