회사가 신주를 발행하면서 회사와 신주인수인 간에 일정한 투자자보호약정이 포함된 신주인수계약을 체결하는 경우가 많다. 벤처캐피탈이 창업 초기 기업에 출자하는 경우가 대표적이다. 이 경우 투자자는 기존 최대주주의 지위와 기존 경영진의 경영권을 존중하되, 상법상 인정되는 권리 이상의 계약상 권리를 확보함으로써 자신들의 이익을 보호하고자 한다. 이를 위해 특히 경영통제 측면, 정보확보 측면, 수익확보 측면, 희석화방지 측면, 투자회수 측면에서 일정한 약정을 두려고 한다.
이런 투자자보호약정은 ʻʻ일정한 주주에게 다른 주주보다 우월한 권리를 부여하는 것ʼʼ이므로 주주평등원칙에 반한다는 오해가 있을 수 있다. 회사와 신주인수인 간에 체결되는 다양한 약정의 효력을 존중하면서도 규범적 통제를 놓치지 않으려면, 주주평등원칙의 적용범위와 사정거리에 관한 더 섬세한 해석론적 작업이 필요하다. 이를 위해 이 논문에서는 (i) 주주평등원칙은 일반적인 원리이므로 자기주식취득금지 또는 출자환급금지 원칙에 뒤이어 보충적으로 적용하고, (ii) 주주평등원칙을 절대적·기계적 원칙이 아니라 합리적 정당화사유가 없는 차별을 금지하는 원칙으로 이해하자는 해석론을 제시하였다. 이렇게 보면 수익을 보장하거나 출자를 환급하는 정도에 이르는 약정은 무효이지만, 투자 유치를 위해 부여되는 사전동의권 등의 투자자보호약정은 원칙적으로 유효하다. 세계 각국에서 공통적으로 광범위하게 활용되는 회사와 신주인수인 간의 투자자보호약정이 유독 우리나라에서 교조화된 주주평등원칙을 만나 무효로 선언되는 일이 없어야 한다.