전환권/신주인수권 행사로 인하여 신주가 발행된 경우에는, 당초의 주식관련사채 발행무효의 소와 (전환권/신주인수권 행사로 인한 신주발행에 관한) 신주발행무효의 소 사이의 관계가 문제된다. 제429조의 유추 여부에 관한 긍정설에 따라 주식관련사채의 발행에 관하여도 무효의 소를 인정한 이상 원칙적으로 그에 의하여야 하지만, 일정한 경우에는 예외적으로 후속 신주발행에 대한 무효의 소를 허용함이 타당하다는 결론에 이르렀다.
그러한 예외로는 (i) 전환권/신주인수권 행사 자체에 위법사유가 있는 경우, (ii) 전환권/신주인수권 행사로 인하여 자기주식 취득 또는 자회사의 모회사 주식취득에 해당하게 되는 경우, (iii) 주식관련사채의 발행 당시에는 존재하지 않던 사유가 후속적으로 드러난 경우 등을 제시하였다. 이 중 (iii)과 관련하여, 주식관련사채나 분리된 신주인수권이 경영진이나 대주주 등에게 양도되고 그들이 전환권/신주인수권을 행사함으로써 그 사채의 발행이 경영권 방어목적이었음이 사후적으로 드러날 수 있는데, 회사가 의도적·적극적으로 이에 관여하였다면 주식관련사채의 발행 이후 회사에 의한 별도의 행위가 있었다고 보아, 별도의 신주발행 무효의 소로써 후속 신주발행의 효력을 다툴 수 있도록 허용함이 타당하다고 제안하였다.
최근 대법원은 신주인수권을 양수한 대주주가 이를 행사하여 신주를 취득한 사안에서, 이는 경영상 목적 없이 대주주에게 신주를 발행한 것과 동일하다고 보아, 신주인수권부사채에 관한 발행무효의 소의 제소기간이 경과한 후에도 신주인수권 행사로 인한 신주발행에 관하여 그 제소기간 내에 무효의 소를 제기할 수 있다고 판시하였다. 이는 일정한 경우에는 후속 신주발행에 대한 무효의 소를 허용하였다는 점에서 이 글의 입장과 동일하나, 대주주가 발행 후에 신주인수권을 취득한 사안에서 회사의 관여 등을 요구하지 않고도 이러한 결론에 이른 것으로 보인다는 점에서는 이 글의 견해보다 다소 쉽게 소의 적법성을 인정하였다. 후속 신주발행의 효력을 다투는 소의 적법성을 일정한 경우에 인정한 것은 타당하지만, 후속 신주발행이 무효가 되면 주식관련사채권자들의 이익을 크게 침해하고 권리관계를 불안정하게 하므로, 그러한 소의 남용을 방지하기 위해 제한적으로 (예컨대 이 논문에서 제안한 것처럼 대주주 등의 주식관련사채 또는 신주인수권 취득에 회사가 관여하였을 경우에) 이를 인정하여야 할 것이다.