본 연구는 공공기관의 경영성과를 측정하는 경영평가 지표체계 구성에 있어서 정부가 강조하는 국정과제지표가 차지하는 비중이 증가할수록 공공기관 성과관리에 있어서 우선순위 목표모호성이 증가하여 경영성과에 부정적인 영향을 미칠 것이라는 가설을 바탕으로 국정과제지표의 상대적 비중이 공공기관 조직성과에 미치는 영향을 실증적으로 분석하였다. 현행 공공기관 경영평가 성과지표체계를 반영하여 공공기관의 핵심 성과 차원을 1) 설립목적에 따른 기관의 미션 달성 수준인 주요사업성과와 2) 경영관리지표의 대부분을 차지하는 관리적 효율성 측면의 운영성과 두 가지로 분류하였다. 이 두 가지 성과 측면을 각각 종속변수로 설정하고, 전체 지표 체계에서 국정과제지표가 차지하는 상대적 비중의 변화를 독립변수로 하여 두 가지 핵심 성과 변수에 미치는 영향을 분석하였다. 실증 분석을 위한 데이터는 2013~2019년 기간 동안 발간된 경영평가 편람에 기재된 지표체계와 경영실적보고서 상의 기관별 점수를 사용하였다. 각 기관의 특성을 통제하기 위해 고정효과모형(fixed-effect model)을 적용하여 분석한 결과, 국정과제의 성과관리를 위해 강조되는 지표의 상대적 비중이 증가할수록 주요사업성과에는 부(-)의 영향을, 운영성과에는 정(+)의 영향을 미치는 것으로 나타났다. 본 논문은 공공기관 성과지표체계에서 국정과제 관련 성과지표의 상대적 비중 증가는 공공기관이 추구하는 목표의 우선순위모호성을 증가시켜 본원적 사업수행에 있어서 부정적인 영향을 미칠 수 있다는 문제제기를 통해 공공기관 경영평가가 기관 단위의 고유의 성과 제고에 집중하여야하는지, 아니면 공공부문 전체 수준의 성과에 기여하여야 하는 지에 대한 정책적 판단의 중요성을 환기한다.