2025년 고교학점제의 전면 도입을 앞두고 고교학점제가 가져올 고등학교 교육의 변화에 대한 기대가 있는 한편, 지역 및 학교의 특성에 따른 교육의 불평등을 야기할 수 있다는 우려의 목소리도 있다. 이에 본 연구는 고교학점제에서 학생 선택형 교육과정으로 인해 나타날 수 있는 교육 불평등 문제를 교육 현장의 목소리에 근거하여 ‘교육 기회의 불평등’, ‘교육 과정의 불평등’, ‘교육 결과의 불평등’의 세 가지 측면에서 탐색하였다. 이를 위해 고교학점제 연구학교 운영 경험이 있는 고등학교 교원과 교육과정 업무 담당 장학사 총 8명을 대상으로 면담조사를 실시하였다. 연구 결과, 고교학점제에서 학생 선택형 교육과정을 운영하는 과정에서 ‘교육 기회의 불평등’은 학교 간 개설 과목의 차이로 확인할 수 있었으며, 교·강사 등 인적 자원과 지리적 여건, 변화에 대응하는 학교 문화, 학생·학부모의 과목 개설 기대 및 요구의 차이가 영향을 미치고 있었다. 둘째, ‘교육 과정의 불평등’은 선택형 교육과정에 따른 개설 과목 운영의 질적 차이로 나타났으며, 이는 교·강사의 수업 전문성, 과목 운영을 위한 지역사회 인프라, 학업 설계 및 과목 선택 지도의 차이로 확인할 수 있었다. 셋째, ‘교육 결과의 불평등’은 ‘교육 기회의 불평등’으로 인한 진로 및 진학에서의 불평등, ‘교육 과정의 불평등’으로 인한 학습 성취의 불평등과 미이수에 대한 우려로 논의되었다. 이를 바탕으로 본 연구는 고교학점제에서 학생 선택형 교육과정으로 야기될 수 있는 불평등 문제를 해결하기 위한 지원 방안을 기회, 과정, 결과의 측면에서 제안하였다.