의무보호예수제도는 제도가 적용되는 다양한 사유가 있으며 적용사유별로 의무 보유자도 다르고 해당주식을 의무보유해야 하는 의무보유기간도 상이하다. 하지만 다양한 적용사유와 의무 보유자에도 불구하고 해당주식의 의무보유기간은 대부분 6개월 또는 1년이기에 획일적으로 적용하는 측면이 있다. 이에 따라 의무보호예수제도의 적용사유와 보유 의무자의 특성에 따른 의무보유기간이 시장의 안정성과 투자자 보호라는 제도의 취지와 목적에 잘 부합하는 지에 대해 살펴보았고 이에 대한 개선방안을 제시하였다. 제시된 개선방안으로는 제도의 동일한 적용사유에 대해 의무 보유자별로 보유하고 있는 해당주식의 의무보유기간 다양화이며 이와 함께 제도의 적용해제 사항에 대한 도입방안을 제시하였다.
또한, 의무보호예수제도의 적용사유와 관련 있는 여러 제도가 있는데 그 중 주식매수선택권제도와 우리사주제도에 대해 의무보호예수제도를 중심으로 제도간의 정합성 문제와 개선방안을 제시하였다. 주식매수선택권 행사주식의 의무보호예수제도의 경우 해당주식을 취득하기 위해서는 2년 이상의 재임이나 재직이 요구되는데 취득한 주식에 대해서도 6개월의 의무보유기간을 적용하는 것은 과도한 제한이며 이로 인해 주식매수선택권제도에 부정적 영향을 미칠 수 있으므로 의무보유기간을 줄이거나 적용사유에서 제외할 필요가 있다. 우리사주의 의무보호예수제도의 경우 의무보유기간이 1년으로 주식매수선택권 행사주식의 의무보유기간이 6개월인 점을 비교하여 볼 때 의무보호예수제도라는 동일한 제도의 적용에 있어 임원보다는 근로자에게 더 큰 부담을 부과하여 우리사주제도에 대한 취지와 목적에 부합하지 않으므로 우리사주의 의무보유기간을 6개월 이내로 축소할 필요가 있다.