이 연구는 정부의 정책형성 과정에서 대통령과 행정부처가 각자의 정책적 선호와 지향, 견해를 추진해나가면서 어떤 관계를 맺고 있을지를 탐색하였다. 관료의 관점에서 대통령의 정책추진력과 행정부처의 정책자율성이 상호 충돌하는 관계로 인식되는지, 상보적으로 연결된 관계로 인식되는지를 분석하고 그러한 인식의 의미와 맥락을 고찰하였다. 중앙행정기관 중상위직 공무원을 대상으로 양적 분석과 질적 분석을 단계적으로 실시하였다. 먼저 설문조사의 분석 결과, 대통령의 정책추진력이 높으면 행정부처의 정책자율성도 더불어 높다는 인식이 나타나 ‘상보적 관계’ 인식이 발견되었다. 사익을 추구하며 태업할 행정권력을 정치권력이 통제해야 한다는 관점으로 본다면 이러한 결과는 의문의 여지가 있는데, 대통령의 강한 정책추진은 행정부처의 재량과 자율성을 통제하는 가운데 진행되는 것이기 때문이다. 따라서 이러한 결과에 대한 공무원 인터뷰를 통한 해석은 다음과 같다. 첫째, 공무원이 인식하는 부처의 정책자율성은 대통령의 아젠다를 수용하여 정책으로 실현하는 범위 안에서 발휘되는 수단적 자율성에 가까웠다. 둘째, 정책과정에서 행정부처는 강한 외부적 압력과 촘촘한 내부적 통제 속에 놓여 있기에 대통령이 강하게 정책을 추진하는 힘은 부처가 처한 각종 제약을 완화해줄 기회이며 자원이 되므로, 대통령의 정책추진력과 행정부처의 정책자율성은 상보적 관계로 인식될 수 있었던 것이다. 셋째, 대통령이 추진하는 정책 아젠다가 부처의 정책적 판단과 크게 달라 동의하기 어려울 때 대통령과 부처의 관계는 상충적으로 나타날 수 있다고 보았다. 또한 이때 부처 행태는 부처가 보유한 자원과 권한 등 권력에 따라 달라질 수 있다고 인식되었다. 넷째, 대통령과 부처의 정책적 견해 차이는 과거에 비해 증가하고 있으며 이를 조정하고 숙의할 상호 소통의 제도 마련이 중요하다고 강조되었다. 특히, 두 기관의 정책 이견을 조정하기 위해 장관의 역할이 강조되었다. 대통령실과 부처 사이의 정책 견해를 소통하고 조정할 권위 있는 제도가 작동하지 못하는 문제를 해결하는 것이 시의적으로 매우 중요함을 의미한다. 더불어 대통령실이 추진하는 정책에 대해 행정부처가 문제의식을 전달하는 이의제기의 책임성 역시 강화되어야 한다.