[연구목적] 본 연구의 첫 번째 목적은 유동화목적회사의 설립근거법에 따른 원천징수제도의 차이가 합당한지 확인하는 것이다. 두 번째 목적은 실제 사례를 통해 원천징수제도의 차이로 인해 다른 취급이 존재하는지 확인하는 것이다. 세 번째 목적은 유동화목적회사의 설립근거법에 따른 원천징수제도의 차이로 인한 문제점과 개선방안을 도출하는 것이다. [연구방법] 설립근거법이 다르지만 유동화규모가 유사한 두 개의 사례기업을 분석하였다. [연구결과] 유동화목적회사의 원천징수제도에 따라 「자산유동화에 관한 법률」의 적용을 받지 못하는 기업들은 이자비용이 클수록 원천징수제도의 차이로 인한 부담도 커지는 문제가 존재한다. 그리고 유동화목적회사는 설립근거에 관계없이 명목회사임으로 도관론적 과세를 해야 한다. 또한 「자산유동화에 관한 법률」의 제정당시 목적이 IMF외환위기를 극복해 금융기관의 부실자산을 매각하는 것이었다는 점을 고려하면, 현재 「자산유동화에 관한 법률」에 따른 유동화목적회사에만 원천징수의무를 면제하는 것은 합리적이지 않다. [연구의 시사점] 유동화목적회사의 원천징수제도 차이로 인한 다른 취급의 문제점을 극복하기 위해 「자산유동화에 관한 법률」을 개정하여 많은 기업들이 「자산유동화에 관한 법률」을 적용할 수 있게 하거나, 법인세법을 개정하여 상법을 근거로 설립된 유동화목적회사도 원천징수의무가 면제되도록 할 것을 제안한다.