교육감 직선제 전면 실시를 계기로 ‘학교자치’ 담론은 부상하였고, 각 지역에서는 본격적인 정책연구가 이루어졌다. 그러나 학교자치에 대한 관심과는 달리 학교자치의 강화가 학교 변화에 어떠한 영향을 주는지에 대한 실증적 연구는 적었다. 이 연구는 학교의 성과지표라고 할 수 있는 학생 핵심역량에 영향을 미치는 변인을 탐색하는데, 학교자치 요인이 어떠한 영향을 미치는지 규명하고, 학생 인구통계학적 변인과 학교 배경변인이 주는 효과를 추가적으로 검증함으로써 영향 요인을 탐색하는 데 있다. 이를 위하여 대전광역시와 세종특별자치시의 초등학교 5, 6학년 학생과 담임교사를 대상으로 설문조사를 실시하였고, 교사 167명, 학생 2,447명의 응답을 분석하였다. 분석방법은 학생수준-교사수준의 위계적 선형모형(HLM)이며, 이를 통해 학생 핵심역량에 영향을 미치는 요인을 확인하였다.
연구 결론은 다음과 같다. 첫째, 학생의 핵심역량은 학생의 인구통계학적 변인 중 성별과 기초학력 도달 여부에 따라 차이가 크게 나타났고 유의한 차이였다. 둘째, 학교 배경변인에 따른 학생 핵심역량의 차이는 극히 미미한 수준이었고, 혁신학교 여부에 따른 차이는 유의하지 않게 나타났다. 셋째, 학생 핵심역량에 정적인 효과를 주는 변인으로는 기능적 자치의 교육과정, 학생생활, 구조적 자치의 학생, 교직원, 문화적 자치의 비전 공유로 도출되었으며, 학교자치의 세부 요인들은 부적인 효과보다 정적인 효과가 많았다. 이 연구는 학생 핵심역량을 향상시키기 위해서는 학생 맞춤별 개별화 교육, 교육과정의 자율화, 학교 교육과정 운영에 학교 구성원의 적극적인 참여 등이 중요함을 시사하고 있다.