본 연구는 학생들의 고교학점제 과목 선택권 행사 경험을 심층적으로 이해하기 위해, 고교학점제 과목 선택권을 처음 부여받고 직접적인 행사가 이루어지기까지의 일련의 과정을 탐구하였다. 연구 결과, 학생들의 과목 선택권 행사 과정은 ‘1단계(선택권 부여받음): 과목 선택권을 둘러싼 높은 불확실성에 의한 혼란’, ‘2단계(행사 방향 구체화): 혼란 해소를 위한 고민과 노력’, ‘3단계(선택권 행사): 정해진 질서대로 선택’으로 나타났다. 세부적으로 1단계에서는 인지적 혼란과 심리적 혼란이, 2단계에서는 정보수집과 정치활동이, 3단계에서는 전략적 선택과 강제적 선택이 나타나는 것으로 확인되었다. 각 단계의 주요 쟁점으로 1단계에서는 학생 간에 나타난 불확실성에 의한 인지적 혼란의 격차, 자유보다 책임이 강조되는 운영 구조, 다수 중심 운영 구조(‘인원수’라는 질서와 선택기준), 2단계에서는 학생 간에 나타난 가용 자원 격차, 사교육에 대한 의존, 정치활동의 위험(딜레마 제공과 선택권 침해), 3단계에서는 입시 수단으로 전락한 과목 선택권, 주체성이 결여된 과목 선택권 행사, 선택권 침해의 과목 선택권 정책 패러독스, 학생 간에 나타난 사용 전략 격차, 기존 질서 공고화의 과목 선택권 정책 패러독스를 발견하였다. 이러한 연구 결과를 토대로 고교학점제의 취지를 살리기 위한 과목 선택권 보장 방안을 제언하였다.