정부는 2016년부터 추정가격 300억 원 이상의 공사에 대해 최저가낙찰 방식 대신 종합심사낙찰제를 적용하고 있다. 본 연구에서는 새로운 입찰제도가 건설업체의 입찰행태와 건설비용에 미치는 영향을 실증분석하였다. 이를 위해, 먼저 2008년 이후부터 2020년까지 도로공사계약 입찰자료를 이용하여 건설사의 입찰함수를 추정하였다. 기술력이 필요한 대규모 공사일수록 입찰가가 상승하지만, 입찰경쟁이 치열해질수록 입찰가는 하락하는 것으로 나타났다. 또한, 종합심사낙찰제 도입이 입찰가와 투찰률을 상승시키는 것으로 추정되었다. 반면에, 입찰자 수가 증가할수록 낙찰확률이 낮아지게 되어 입찰가 및 낙찰가가 낮아지는 것으로 추정되었다. 이러한 결과는 공공조달비용 절감을 위해서는 건설사의 입찰참여를 유도할 수 있는 정책 등이 필요함을 시사한다. 구조모형 분석을 통해 입찰자의 비용함수를 추정하였는데, 건설업체 간 비대칭성과 경매 간 이질성을 통제하는데 효과적인 2단계 추정방법을 활용하였다. 추정 결과, 통계적으로 유의하게 종합심사낙찰제로 발주된 공사에 참여하는 기업의 비용이 높게 추정되었다.