본 연구는 제주지역 항만관리를 사례로 하여 중앙정부와 지방정부 간 항만관리 협력 현황과 문제점을 분석하고, 거기에 기초하여 항만관리에 도움이 될 수 있는 정부 간 협력방안이나 시사점을 도출하는 것을 목적으로 수행되었다.
제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에 따라 제주특별자치도와 중앙정부 간에 인적・재정적 협력관계를 구축하도록 하고 있으나, 실제로 항만관리 분야의 경우 중앙정부로부터의 전문인력 및 재정 지원은 충분하지 못한 실정이다. 더욱이 해양수산부와 제주특별자치도 및 민간부문 등이 공동으로 참여하는 위원회나 협의체 등과 같은 거버넌스는 전혀 형성되어 있지 못한 실정이다.
제주지역뿐만 아니라 부산 등 타 지역에서도 항만분권 혹은 항만자치가 정상적으로 진행되기 위해서는 중앙정부의 지방자치단체에 대한 전문인력 및 재정지원이 충분히 이루어져야 할 것이다. 또한 항만관리의 국가기능과 지방자치단체기능의 연계, 민간시장의 효율성 확보, 항만 서비스 이용자의 선호 파악 등을 위해서 중앙정부와 지방정부 관련 기관을 포함하여 다양한 이해단체가 참여하는 협의체 등의 거버넌스 체계가 형성될 필요가 있을 것이다.