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Abstract
목차
I. 연구사업의 개요 16
1. 연구사업의 배경 16
가. 국제적 연구 동향; 종 선정의 당위성 20
나. 망둑어과 어류 23
다. 국내 연구의 현황 및 본 사업의 목적 25
2. 과업의 범위와 목적 27
가. 종 선정 기준 및 전략 27
나. 분석 마커 31
II. 연구사업 수행 계획 34
1. 사업관리 34
가. 연구사업의 절차 34
나. 연구사업의 구성 35
다. 연구 수행조직 35
라. 연구진의 구성 및 사업비 관리 37
마. 연구사업의 추진일정 38
III. 연구 결과 및 고찰 39
1. 서론 39
가. 계통학적 문제점과 이슈 39
나. 분류군별 주요 문제점 및 이슈 44
2. 재료 및 실험방법 52
가. 채집 및 표본제작 52
나. 유전자 선정 54
다. DNA 추출 54
라. PCR 55
마. 염기서열 결정 58
바. 분자계통학적 분석 58
3. 결과 및 고찰 60
가. 시료(표본) 확보 현황 60
나. 계통 분석 65
IV. 연구 수행 결과 148
1. 세부과제별 연구 진행 상황 148
V. 연구대상 종 설명 150
VI. 참고문헌 194
table 1. 국립생물자원관 2008년 1차 계통수 사업 대상 종(어류) 17
table 2. 국립생물자원관 2009년 2차 계통수 사업 대상 종(어류) 18
table 3. 국립생물자원관 2010년 3차 계통수 사업 대상 종(어류) 19
table 4. 전 세계에 서식하는 망둑어과 어류의 속 list. 26
table 5. 조사대상 어류 종 list. 28
table 6. 투입 연구원 명단 36
table 7. 사용된 프라이머 리스트 56
table 8. 본 연구 사업과 관련된 채집으로 확보한 종목록 60
table 9. 분류군 별 보유 및 계통 분석용 DNA 추출 현황 63
table 10. Maximum Likelihood fits of 24 different nucleotide substitution models 68
table 11. Maximum Likelihood fits of 24 different nucleotide substitution models 84
table 12. Maximum Likelihood fits of 24 different nucleotide substitution models 93
table 13. Maximum Likelihood fits of 24 different nucleotide substitution models 105
table 14. Maximum Likelihood fits of 24 different nucleotide substitution models 121
table 15. Maximum Likelihood fits of 24 different nucleotide substitution models 144
table 16. 연구결과의 요약(현황) 147
table 17. 세부과제별 연구 추진 상황 148
table 18. 세부과제별 연구 추진 일정 149
Fig 1. 아프리카 말라위 호수에 여러 종의 시클리드 물고기 군집 22
Fig 2. 여러 수준에서의 생명다양성: 유전자, 종, 군집 및 생태계 23
Fig 3. FishBase에 소개된 망둑어과 어류에 관한 일반적 설명. 24
Fig 4. 전형적인 척추동물의 미토콘드리아 DNA의 유전자 부위를 보여주는 circle-map의 예시. 32
Fig 5. 연구 사업 절차의 요약 모식도 34
Fig 6. 단계적 연구 사업 수행 과정을 보여주는 모식도. 35
Fig 7. 본 연구 사업의 조직과 업무 분장. 36
Fig 8. 한국산 망둑어류의 다양한 서식처 적응방산(adaptive radiation). 39
Fig 9. Hoese and Gill(1993)이 추정한 망둑어아목의 계통적 유연관계 모식도 41
Fig 10. 12s rRNA 염기서열에 기초한 망둑어아목의 neighbor-joining... 42
Fig 11. 전 세계에 분포하는 망둑어아목의 계통도. 43
Fig 12. Cyt b 유전자(608bp)를 이용한 미끈망둑속(Luciogobius) 어류의... 45
Fig 13. 6개의 기능성 핵유전자(MII, Myh6, Ptr, Rag1, Rag2, and Ryr3)를... 46
Fig 14. 한반도산 밀어(Rhinogobius brunneus)와 species complex... 48
Fig 15. 한반도산 갈문망둑(Rhinogobius giurinus)의 2가지 타입 49
Fig 16. 한국산 꾹저구 3종 51
Fig 17. 망둑어아목의 조사지점도 62
Fig 18. Neighbor-joining tree inferred from 12S rRNA sequence using... 66
Fig 19. Maximum likelihood tree inferred from 12S rRNA sequence using... 67
Fig 20. Maximum likelihood tree inferred from 12S rRNA sequence using... 69
Fig 21. Neighbor-joining tree inferred from 16s rRNA sequence using Kimura-2 parameter... 72
Fig 22. Maximum parsimony tree inferred from 12S rRNA sequence with... 77
Fig 23. Maximum likelihood tree inferred from 12S rRNA sequence using... 81
Fig 24. Phylogenetic tree based on Bayesian analysis for 12s rRNA... 87
Fig 25. Maximum parsimony tree inferred from 12S rRNA sequence with... 90
Fig 26. Neighbor-joining tree inferred from 16S rRNA sequence using... 91
Fig 27. Maximum likelihood tree inferred from 16S rRNA sequence using... 92
Fig 28. Maximum parsimony tree inferred from 16S rRNA sequence with... 94
Fig 29. Neighbor-joining tree inferred from 16S rRNA sequence using... 98
Fig 30. Maximum parsimony tree inferred from 16S rRNA sequence with... 101
Fig 31. Maximum likelihood tree inferred from 16S rRNA sequence using... 102
Fig 32. Phylogenetic tree based on Bayesian analysis for 16s rRNA... 106
Fig 33. Neighbor-joining tree inferred from COI sequence using Kimura-2... 108
Fig 34. Maximum parsimony tree inferred from COI sequence with... 113
Fig 35. Maximum likelihood tree inferred from COI sequence using 116
Fig 36. Phylogenetic tree based on Bayesian analysis for COI region... 122
Fig 37. Neighbor-joining tree inferred from cytochrome b sequence using... 126
Fig 38. Maximum likelihood tree inferred from cytochrome b sequence... 127
Fig 39. Maximum parsimony tree inferred from cytochrome b sequence... 128
Fig 40. Phylogenetic tree based on Neighbor-Joining analysis with the... 130
Fig 41. 하나의 그룹으로 묶인 펄 갯벌에 서식하는 망둑어과 무리. 134
Fig 42. Maximum likelihood tree inferred from COI, 16S, 12S sequences... 135
Fig 43. Maximum likelihood tree inferred from COI, 16S, 12S sequences... 136
Fig 44. Acanthogobius 계통도(ML, Combined) 136
Fig 45. Pterogobius 계통도(ML, Combined) 138
Fig 46. Rhinogobius속 계통도(ML, Combined) 138
Fig 47. Neighbor-joining(NJ) tree based on genetic distances estimated... 139
Fig 48. A dendrogram of 21 populations of Tridentiger species construced... 141
Fig 49. Maximum likelihood tree inferred from 16S+12S+COI sequences... 142
Fig 50. Phylogenetic tree based on Bayesian analysis and Posterior... 146