표제지
목차
Chapter 01. 네트워크를 활용한 생물정보의 분석 기법 소개 3
1-1. 패스웨이 네트워크 분석 툴 소개 4
1) 특징 5
2) 네트워크 분석 툴의 비교 6
3) 활용 사례 10
1-2. 네트워크 내의 생물 정보 확인 12
Chapter 02. 유전자와 질병 상호작용 pathway 네트워크 분석 사례 34
2-1. 근육 이상을 유발하는 많은 원인 중 미토콘드리아 이상으로 발생하는 근육 이상에 대한 후보 유전자(YME1L1)에 대한 기능 분석과 관련된 금속단백질 분해효소 연관 인자 발굴 분석 36
2-2. HIV 감염 유도 및 면역 반응과 후보 유전자간의 상관성 분석 45
(1) Immune Response - HLA_DQB1(Direct Relationship이 있는 경우) 47
(2) HIV infection - FPR1(Direct Relationship이 있는 경우) 51
(3) HIV infection - NR4A2(Direct Relationship이 없는 경우 - Indirect Relationship) 53
(4) HIV infection - ACTB(Direct Relationship이 없는 경우 - Indirect Relationship 중 과다 Entities) 56
(5) HIV infection - ACTB(Direct Relationship이 없는 경우 - Indirect Relationship 중 특이 사례) 57
2-3. 식이성분에 따른 췌장세포의 기능 분석을 통한 2형 당뇨병 발생 예측 인자 발굴 분석 58
(1) Fe2+ - Insulin secreting cell - T2DM(1차 분석 - 그림 구현 가능 결과)(이미지참조) 60
(2) Vitamin D - Insulin secreting cell - T2DM(1차 분석 - 그림 구현 불가능) 64
(3) Fe2+ - Vitamin D(2차 분석 - 다양한 상호작용)(이미지참조) 66
(4) VDR - Insulin secreting cell(3차 분석) 69
2-4. 근육병 희귀 질환에 대한 FLAGs의 엑솜 시퀀싱 분석을 통한 유효성 검증 분석 70
(1) 질병 및 후보 유전자간 상호작용 네트워크(Pathway studio) 73
(2) 질병 및 후보 유전자간 개별적 상관성 분석(one - linkage & Direct relationship) 75
(3) 질병 및 후보 유전자간 개별적 상관성 분석(Double - linkage or 그 이상) 77
(4) 후보 유전자간 유의미한 신호 전달 체계 구축(IPA - Core analysis) 79
(5) 후보 유전자간 유의미한 신호 전달 체계 구축 81
2-5. 새로운 줄기세포주에 대한 유전자 발현 패턴 특징 분석 83
(1) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(1차 분류 - Heatmap) 85
(2) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(1차 분류 - Heatmap - Embryonic Related Annotation) 86
(3) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(2차 분류 - Heatmap, Canonical Pathway) 87
2-6. 알츠하이머병 후보 유전자의 변화에 따른 유전자 발현 패턴 변화 분석을 통한 바이오마커 발굴 분석 89
(1) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Canonical Pathway) 91
(2) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Upstream analysis) 92
(3) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Disease & Function analysis) 93
(4) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Regulator effects analysis) 94
(5) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Network analysis) 95
2-7. Copy Number Variation(CNV)의 Insertion 변형된 줄기세포 분화능 영향 분석 96
(1) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Disease & Function analysis) 97
(2) 두 그룹간 상호 작용에 대한 네트워크 분석 결과 98
(3) 후보 유전자(147개)간 유의미한 신호 전달 체계 구축(Disease & Function analysis/Network analysis 결과 응용) 99
(4) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Upstream analysis) 101
2-8. 비알코올성 지방간(NAFLD)과 다양한 합병증 연관 유전자 발굴 분석 102
(1) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Regulator effects analysis) 103
(2) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Canonical pathway analysis) 104
(3) 샘플 대상을 구분할 수 없는 그룹에 대한 샘플 결과 유추하기 105
(4) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Upstream analysis/Disease & Function analysis) 106
2-9. 간 손상 및 바이러스 침투가 간조직 줄기세포의 간조직 분화 과정에 끼치는 영향 분석 108
(1) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 Fold Change 계산 결과(3개의 Data set) 110
(2) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Disease & function analysis(Bar)/Network analysis) 111
(3) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(데이터 생산/Regulator effects analysis) 113
(4) 후보 유전자 리스트 중 KEGG 데이터베이스 기반 특정 신호 전달 체계에 속하는 유전자 발굴 115
2-10. 줄기세포 관련 신호 전달 체계 예측 모델 구축 117
(1) 특정 후보 유전자 관련 네트워크(유전자 네트워크) 118
(2) 특정 네트워크기반 예측 모델 구축(신호 전달 체계 - Canonical Pathway analysis 결과 활용 네트워크) 119
(3) 특정 Annotation 관련 네트워크(신호 전달 체계 - Disease & Function analysis 결과 활용 네트워크) 120
2-11. GEO 오픈 데이터를 통한 알츠하이머 환자의 뇌 부위별 유전자 발현 패턴 분석 121
(1) 특정 뇌 부위별 차등발현유전자(Differentially Expressed Genes) 리스트 분석(GEO2R 활용 분석) 122
(2) 특정 뇌 부위 간 공통/차이 유전자 비교(IPA - Compare analysis) 124
(3) 두 그룹간 차등 발현 유전자 리스트에 대한 신호 전달 체계 수준에서 비교 분석 결과(Canonical pathway/Network analysis) 125
판권기 127