표제지
목차
보고서 초록 3
요약문 4
SUMMARY 12
제1장 서론 19
제1절 연구의 배경 및 목적 19
제2절 연구의 필요성 19
제2장 국내외 기술개발 현황 24
제1절 국외기술, 산업동향 24
1. 미국ㆍ영국ㆍ프랑스 등의 선진국은 극지를 포함한 제3세계의 생명자원을 무차별적으로 수집, 분석하여 지적재산권을 확보하고 있을 뿐만 아니라 몬산토, 신젠타 등의... 24
2. 국내 기술, 산업동향 25
3. 기술 및 특허동향 분석 25
제3장 연구개발 수행 내용 및 결과 33
제1절 연구목표 33
1. 연구개발의 최종목표 33
2. 연차별 성과목표 33
제2절 연구내용 35
제3절 연구결과 36
제3-1절 남극 빙어의 유전체 분석을 통한 극한 환경으로의 적응 기작 규명 연구 36
제3-2절 남극 드래곤피쉬 Parachaenichthys charcoti의 게놈 분석을 통한 극한환경 적응 기작의 이해 97
제3-3절 남극개미자리의 현장 및 챔버 생육 샘플의 전사체 비교를 통한 환경적응 기작 분석 111
제3-4절 남극좀새풀 유전자 DaGolS2 과발현에 의한 벼 형질전환체의 내냉성 증대 효과 분석 139
제3-5절 극지미세조류 KNF0032의 얼음결합 단백질 CmIBP의 분리 및 이들의 활성검증과 과다발현 형질전환체의 표현형 분석 165
제3-6절 남극 선태류 AP2 유전자 과다발현 형질전환체 제작과 저온 표현형 분석 196
제3-7절 남극 좀새풀 유래 Chalcone isomerase (DaCHI) 효소의 구조-기능 연구 212
제3-8절 극지 호냉성 박테리아(Exiguobacterium antarcticum) 유래 EaEST 효소의 구조-기능연구 217
제3-9절 바실러스 PAMC 23377 균주 유래 BaCYP106A2 효소의 구조와 기능적 특성연구 222
제3-10절 북극 해양 미생물(Colwellia psychrerythraea) 유래 isoaspartyl dipeptidase 효소(CpsIadA) 의 삼차구조 및 기능적 특성 규명 226
제3-11절 남극 호냉성 미생물 유래의 저온성 esterase 효소의 삼차구조 해석 230
제3-12절 극지 특이적 환경요인에 의한 단백체 지도 제작 233
제3-13절 극지 환경에 의해 조절되는 생리변화 조절 경로 연구 240
제3-14절 극지 미생물에서 생산되는 유용 효소 단백질의 구조 분석 및 특성 연구 255
제4장 연구개발결과의 활용계획 268
1. 향후 연구방향 268
2. 성과 활용계획 269
제5장 참고문헌 271
제3-1절 남극 빙어의 유전체 분석을 통한 극한 환경으로의 적응 기작 규명 연구 52
표 1. Icefish assembly and annotation statistics 52
제3-2절 남극 드래곤피쉬 Parachaenichthys charcoti의 게놈 분석을 통한 극한환경 적응 기작의 이해 105
표 1. P. charcoti sequencing statistics 105
표 2. Global statistics of the P. charcoti genome assembly 106
표 3. Summarized benchmarks of the BUSCO assessment 107
제3-3절 남극개미자리의 현장 및 챔버 생육 샘플의 전사체 비교를 통한 환경적응 기작 분석 128
표 1. Summary of sequencing, assembly, and annotation 128
표 2. Statistics of SSR markers identified from C. quitensis transcriptome analysis 129
표 3. Primer sequences used for qPCR analysis 130
제3-4절 남극좀새풀 유전자 DaGolS2 과발현에 의한 벼 형질전환체의 내냉성 증대 효과 분석 155
표 1. Information of primers used in this study 155
표 2. The accession numbers of GolS homologs used in phylogenetic analysis 156
제3-5절 극지미세조류 KNF0032의 얼음결합 단백질 CmIBP의 분리 및 이들의 활성검증과 과다발현 형질전환체의 표현형 분석 183
표 1. Information of primers used in this study 183
표 2. Amplification efficiency test of selected 10 internal control genes 184
표 3. Summary of genetic features of six CmIBP genes. Gene sizes and number of exons were confirmed by PCR-based sequencings of genomic DNA, and the plant type transcription factor... 185
표 4. Comparison of the protein composition of CmIBPs and other Thr-rich AFPs 186
제3-12절 극지 특이적 환경요인에 의한 단백체 지도 제작 238
표 1. 염분 스트레스에 따른 Gondogeneia antarctica의 치사율 238
제1장 서론 21
그림 1. 미 연방정부 분야별 R&D 투자 추이(국방부 제외) 21
그림 2. 3년(2014-2016)간 출판된 논문의 평균 인용수 비교 23
그림 3. 극지 동물 유전체 관련 분야 연도별 특허출원, 포트폴리오로 본 극지 동물 유전체 기술 분야의 위치, 극지 동물 유전체 관련 주요 연구기관 분석 27
그림 4. 극지 식물 유전체 관련 분야 연도별 특허출원, 극지 식물 유전체 관련 주요 연구기관 분석 29
그림 5. 극지 조류 유전체 분야 연도별 특허출원 31
제3장 연구개발 수행 내용 및 결과 53
제3-1절 남극 빙어의 유전체 분석을 통한 극한 환경으로의 적응 기작 규명 연구 53
그림 1. Karyotype stability of icefish with respect to teleost outgroups. a. Gene content in icefish chromosomes supports a one-to-one correspondence between icefish and medaka chromosomes... 53
그림 2. Comparative analysis of the C. aceratus genome assembly. a. Phylogenetic tree and gene family gain-and-loss analysis including the number of gained gene families (+), lost gene... 54
그림 3. Conserved syntenies for expanded gene clusters identified in the blackfin icefish genome. a. The antifreeze glycoprotein (afgp) and trypsinogen (tryp) locus. b. The zona pellucida c5... 55
그림 4. Genomic evidence supporting gene loss events for blackfin icefish circadian rhythm-related genes. Genomic structures and syntenic comparisons of a. cryptochrome gene (원문불량)... 56
제3-2절 남극 드래곤피쉬 Parachaenichthys charcoti의 게놈 분석을 통한 극한환경 적응 기작의 이해 108
그림 1. Photograph of Antarctic dragonfish, P. charcoti 108
그림 2. Estimation of the P. charcoti genome size based on 39-mer analysis. X-axis represents the depth (peak at ×39), and the y-axis represents the proportion. Genome size was estimated to... 109
그림 3. Comparative genome analyses of the P. charcoti genome. (A) Venn diagram of orthologous gene clusters between 4 arthropod lineages. (B) Gene family gainand-loss analysis. The... 110
제3-3절 남극개미자리의 현장 및 챔버 생육 샘플의 전사체 비교를 통한 환경적응 기작 분석 131
그림 1. Microclimates of the sampling site in Antarctica and morphology of C. quitensis plants (a) The temperature (green solid line) and light intensity (black dotted line) of the plant sampling... 131
그림 2. Functional GO classification of the C. quitensis transcriptome. Sequences with BLASTX matches were assigned GO terms and classified into different functional categories (biological... 132
그림 3. Pathway assignment based on KEGG. Pathways were assigned into five categories. OS: Organismal systems, M: Metabolism, GIP: Genetic information processing, EIP: Environmental... 133
그림 4. Functional classification of DEGs by plant GO slim terms. (a) GO terms of all DEGs with significance (FDR 〈 0.05, Fisher's exact test) are presented with box colors when compared with... 134
그림 5. A scatterplot of enriched KEGG pathways in upregulated- and downregulated gene groups. The significantly enriched KEGG pathways were indicated as dots (FDR 〈 0.05, Fisher's exact... 135
그림 6. The genes of 'phenylpropanoid biosynthesis' pathway were upregulated in ANT samples. The 'phenylpropanoid biosynthesis' pathway consists of the 'monolignol biosynthesis' (KEGG... 136
그림 7. qPCR analysis of PCESR - orthologs from C. quitensis in LAB- vs. ANT samples and the plants exposed to different abiotic stressors. The main graphs are the results of the abiotic stress... 137
그림 8. The relative gene expression of the orthologs of PIF4 and growth promoting genes as PIF4-targets. (a) The relative gene expression of PIF4-like orthologs which were found by TBLASTN... 138
제3-4절 남극좀새풀 유전자 DaGolS2 과발현에 의한 벼 형질전환체의 내냉성 증대 효과 분석 158
그림 1. Amounts of galactinol and raffinose were increased in response to cold and drought stress in Deschampsia antarctica. (A) Expression patterns of DaIRIP in response to different growth... 158
그림 2. Identification and characterization of DaGolS1 and DaGolS2 in Deschampsia antarctica. (A) Schematic structures of predicted DaGolS1 and DaGolS2. The glycosyltransferase domain is... 159
그림 3. Phylogenetic analysis of GolS proteins. The full-length amino acid sequences of DaGolS1, DaGolS2 and GolS homologs from Poaceae monocot crops were retrieved from the GenBank... 160
그림 4. Molecular characterizations of DaGolS2-and OsGolS2-overexpressing transgenic rice plants. (A) Schematic representation of a DaGolS2-overexpressing binary vector construct. RB, right... 161
그림 5. Increased tolerance of DaGolS2- and OsGolS2-overexpressing transgenic rice plants in response to cold stress. (A, B) Cold stress phenotypes of the wild-type, Ubi: DaGolS2 and... 163
그림 6. Increased tolerance of DaGolS2-and OsGolS2-overexpressing transgenic rice plants in response to drought stress. (A, B) Drought stress phenotypes of the wild-type, Ubi: DaGolS2 and... 164
제3-5절 극지미세조류 KNF0032의 얼음결합 단백질 CmIBP의 분리 및 이들의 활성검증과 과다발현 형질전환체의 표현형 분석 187
그림 1. Transcriptional response of IBPs from the psychrophilic green alga Chloromonas sp. KNF0032. (a) Heat map displaying the FPKM levels of 29 annotated genes that increased in response... 187
그림 2. Prediction of exon-intron structures and putative transcription factor binding sites in upstream regions of CmIBP1, CmIBP2, and CmIBP3. CmIBPs have 11-12 exons and cis-elements... 188
그림 3. Phylogenetic analysis of 18S rDNA sequences and screening of CmIBP homologous genes at genomic and transcriptional level (a) For constructing a phylogenetic tree, the 18S rDNA... 189
그림 4. Domain architecture and multiple alignments of six CmIBPs, four CCMP681 IBPs and ChloroIBP amino acid sequences. (a) Domain architecture and signal peptide of six CmIBP proteins... 190
그림 5. Maximum likelihood tree of CmIBPs with previously reported IBP proteins from fungi, bacteria, diatoms, prasinophytes, and green algae. The TXT motif-containing IBP group including... 191
그림 6. Prediction of the domains and tertiary structures of the CmIBP1, CmIBP2, and CmIBP3 proteins. (a) Common TXT motifs in CmIBP1, CmIBP2, and CmIBP3 are marked in red and roman... 192
그림 7. Expression of recombinant CmIBP proteins in E. coli, and the RNA and protein expression of heterologous CmIBP genes in Arabidopsis transgenic plants. (a) Western blot assay using an... 193
그림 8. IRI activity assay of recombinant CmIBPs. (a) Images of ice grains after freezing for 30 min at −6°C in IRI assay. (b) The size of individual ice grains in each sample (3.2mm2 in the... 194
그림 9. Transgenic Arabidopsis plants overexpressing CmIBPs enhance freezing tolerance due to IRI activity. (a) Images of transgenic Arabidopsis plants under normal growing conditions at... 195
제3-6절 남극 선태류 AP2 유전자 과다발현 형질전환체 제작과 저온 표현형 분석 203
그림 1. RT-qPCR to check the expression of SuAPL genes in cold stressed Sanionia uncinata. Color codes indicate the duration time of cold treatment. SuTub was used as the internal reference... 203
그림 2. RT-qPCR to check the expression of SuAPL genes in dehydration stressed Sanionia uncinata. Color codes indicate the duration time of dehydration treatment. SuTub was used as the... 204
그림 3. RT-qPCR to check the expression of SuAPL genes in 100uM ABA treated Sanionia uncinata. Color codes indicate the duration time of 100uM ABA treatment. SuTub was used as the... 205
그림 4. Generation of pAct: SuAPL transgenic Physcomitrella patens plants. Genomic Polymerase chain reaction (PCR) analysis of transgenic lines and wild type (WT) moss. Genomic DNA was... 206
그림 5. Molecular analysis of pAct: SuAPL transgenic Physcomitrella patens plants. Reverse transcription (RT)-PCR analysis of SuAPLs expression in six transgenic plants. PpEF1a was used... 207
그림 6. Comparison of cold-stress tolerance between wild-type and pAct: SuAPLs transgenic mosses. Four-day-old wild type and pAct: SuAPLS protonema were incubated at 20°C and 4°C for... 208
그림 7. Comparison of maximum quantum efficiency of PSII photochemistry (Fv/Fm) between wild-type and pAct: SuAPLs transgenic mosses. The ten biological replicates were used for each... 209
그림 8. Comparison of cold-stress tolerance morphologies and maximum quantum efficiency of PSII photochemistry (Fv/Fm) between wild-type, pAct: SuAPL3 and pAct: SuAPL14 transgenic... 210
그림 9. Comparison of cold-stress tolerance between wild-type and pAct: SuAPLs transgenic mosses. Four-day-old wild type and pAct: SuAPLs protonema were incubated at 20°C and 4°C for... 211
제3-7절 남극 좀새풀 유래 Chalcone isomerase (DaCHI) 효소의 구조-기능 연구 213
그림 1. (A) 남극 좀새풀이 극지 환경스트레스에 적응할 수 있게 항산화 물질 합성에 관여하는 CHI 효소 기작 (B) 남극 좀새풀의 조직별 CHI의 발현 패턴 분석 213
그림 2. 저온 (A and C) 및 강한 UV환경 (B and D) 에서 DaCHI의 발현 변화 214
그림 3. (A and B) DaCHI 효소의 기질 (isoliquiritigenin) 복합체 삼차구조 (C) DaCHI 효소의 아미노산 서열과 기존에 알려진 다른 유사 CHI 효소와의 아미노산 비교 215
그림 4. DaCHI 효소의 생화학적 특성 연구 (A) 온도별 DaCHI 효소 활성 비교 (B) DaCHI의 온도에 따른 효소 활성 안정성 변화 (C) pH 조건에 따른 DaCHI 효소 활성 비교 216
제3-8절 극지 호냉성 박테리아(Exiguobacterium antarcticum) 유래 EaEST 효소의 구조-기능연구 218
그림 1. EaEST 효소의 삼차구조와 활성잔기 위치 (A) 활성부위에 peracetate가 결합된 EaEST 효소의 삼차구조 모습 (B) 저온성 EaEST 효소의 아미노산 서열과 기존에 알려진... 218
그림 2. EaEST 효소의 기질결합부위 (A) EaEST 효소의 기질결합 부위와 기존에 알려진 PfEST (Pseudomonas fluorescens esterase) 기질 결합부위 구조 비교. EaEST 효소의... 219
그림 3. EaEST 효소의 활성특성 규명 (A) EaEST 효소의 기질특이성 (B) EaEST 효소의 naphthyl derivatives에 대한 기질특이성 (C) EaEST 효소의 Perhydrolase 활성 (D) EaEST 효소... 220
그림 4. EaEST 효소의 고정화 연구 (A) Cross-linking에 의해 고정화된 EaEST 효소의 전자현미경 사진 (B) 고정화된 EaEST 효소의 고배율 전자 현미경 사진 (C) 용액상태와... 221
제3-9절 바실러스 PAMC 23377 균주 유래 BaCYP106A2 효소의 구조와 기능적 특성연구 223
그림 1. 재조합 BaCYP106A2 효소 생산 (A) 정제된 BaCYP106A2 효소의 SDS-PAGE 분석결과 (B) 정제된 BaCYP106A2 효소의 폴딩 및 활성 확인 223
그림 2. BaCYP106A2 효소의 삼차구조 모습 (A) BaCYP106A2 효소에 결합되어 있는 heme 분자와 예상되어지는 기질 결합부위 (B) 기질결합에 관여할 것으로 생각되어지는... 224
그림 3. HPLC 와 LC-MS 분석을 통한 BaCYP106A2 효소의 기질특이적 활성 확인 (A) 4-Androstenedione 기질에 대한 BaCYP106A2 효소의 수산화 부위 확인 (B) Nandrolone substrate에... 225
제3-10절 북극 해양 미생물(Colwellia psychrerythraea) 유래 isoaspartyl dipeptidase 효소(CpsIadA) 의 삼차구조 및 기능적 특성 규명 227
그림 1. CpsIadA 효소의 삼차구조 모습 (A) CpsIadA 효소의 dimer 형성 부위 (B) CpsIadA 효소의 활성 부위에 존재하는 Zn metal ion의 모습 (C) CpsIadA 효소의 octamer 구조 모습... 227
그림 2. 저온성 CpsIadA 효소의 구조와 기존에 알려진 중온성 EcoIadA 효소의 구조비교(A) 저온성 CpsIadA 효소의 활성부위 구조와 EcoIadA 효소의 활성부위 비교. EcoIadA... 228
그림 3. CpsIadA 효소의 생화학적 특성 분석 (A) 온도별 CpsIadA 활성 분석 (B) pH별 CpsIadA 활성 분석 (C) CpsIadA 효소 활성부위 잔기들의 mutation에 의한 효소 활성 변화... 229
제3-11절 남극 호냉성 미생물 유래의 저온성 esterase 효소의 삼차구조 해석 232
그림 1. (A) 작은 크기의 (≤5) RNA만을 분해하는 CpsORN (B) 이량체를 이루고 있으며 RNA가 결합하는 틈을 지니고 있는 CpsORN의 구조 (C) RNA의 결합 여부에 따라 α8-α9 고리... 232
제3-12절 극지 특이적 환경요인에 의한 단백체 지도 제작 235
그림 1. 남극 저온성 박테리아 유래 cold shock protein이 도입된 박테리아의 표준 단백체 지도 235
그림 2/그림 1. 염도감소 스트레스에 의해 유도되는 Gondogeneia antarctica의 단백체 지도 변화 239
제3-13절 극지 환경에 의해 조절되는 생리변화 조절 경로 연구 243
그림 1. 남극 저온박테리아 Psychrobacter sp. PAMC 21119의 두가지 cold shock protein의 계통도 243
그림 2. Psychrobacter PAMC 21119 유래 Csp의 아미노산 서열 분석. RNP1, RNP2 (RNA binding domain); red box, DNA binding site 244
그림 3. 저온조건에서의 이형 csp 유전자 발현 균주의 세포 성장 245
그림 4. 형질 전환된 박테리아의 생존율 곡선 246
그림 5. transcription anti-termination 활성 247
그림 6. 남극 저온 박테리아 유래 Csp의 DNA와 RNA binding activity 확인 248
그림 7. FITC-BHQ를 이용한 남극 유래 Csp protein의 nucleic acid melting activity 확인 249
그림 8/그림 1. ppRidA의 단백질-단백질 상호작용 예측 및 mRNA 분해 활성 측정 확인 253
제3-14절 극지 미생물에서 생산되는 유용 효소 단백질의 구조 분석 및 특성 연구 258
그림 1. 대장균에서 외래 단백질의 효율적 생산 시스템 예시 258
그림 2. nahB 단백질의 발현 분석. A. 기질인 나프탈렌 존재하에서 nahB의 RNA발현 분석, B, 정제된 NahB 단백질 효소의 size-exclusion chromatography 분석, C. naphthalene과... 259
그림 3. 효소 단백질 NahB의 기질 결합 부위를 분석한 구조. A. 조효소 NAD와 결합된 효소 NahB의 구조, B. 리간드 2, 3-dihydroxybiphenyl (2, 3-DB)와 결합된 효소-리간드... 260
그림 4. 저온성 GroELS에 의한 재조합 NahX의 발현량 증가와 단백질 구조 261
그림 5. NahX에 의한 heme의 결합과 분해에 대한 측정 비교 262
그림 6. 저온성 샤페론 PsyGroELS 공발현을 이용한 효소 PsEst3의 가용성 향상 263
그림 7. DaMDHAR의 생화학적 효소 반응 특성 조사 264
그림 8. DaMDHAR의 활성상태 검정 및 단백질 구조 분석 265
그림 9. DaMDHAR의 활성부위 구조 및 표면 구조의 보존성 266
그림 10. DaMDHAR 발현 효모의 환경 스트레스 내성 활성 267
보충표목차
Supplementary Table 1. Statistics for icefish genome sequencing using PacBio Sequel 57
Supplementary Table 2. BUSCO scores for the completeness of the icefish genome sequence 58
Supplementary Table 3. Sequencing statistics for icefish transcriptome analysis 59
Supplementary Table 4. General statistics of the functional annotation 60
Supplementary Table 5. Sequencing statistics for icefish small-RNA transcriptome analysis 61
Supplementary Table 6. Information of miRNA sequence of blackfin icefish 62
Supplementary Table 7. Statistics for the analysis of icefish repetitive elements 62
Supplementary Table 8. Genome assemblies/Gene models used in this study 63
Supplementary Table 9. Summary of orthologous gene clusters analyzed in 13 species 64
Supplementary Table 10. Gene Ontology of expanded genes families in the icefish genome relative to the 13 species 65
Supplementary Table 11. Gene Ontology for contracted gene families in the icefish genome relative to the 13 species 67
Supplementary Table 12. CAFE1 gene family analysis results 69
Supplementary Table 13. CAFE results for significantly expanded genes in icefish 70
Supplementary Table 14. Positively selected genes in the icefish genome. (Likelihood ratio test: α=0.05) 71
Supplementary Table 15. Gene ontology for positively selected genes in the icefish genome 72
Supplementary Table 16. Comparison of zona pellucida (zp) gene family members in icefish and other Antarctic fish 73
Supplementary Table 17. Genomic distribution of icefish zona pellucida (zp) family genes. The total number of annotated zp genes on each contig is indicated. Of the 131 icefish zp genes, 109 are... 74
Supplementary Table 18. Annotation of antioxidant defense system related genes in five teleosts. Genes were selected from the gene set of antioxidant activity (M15021) of Gene Set Enrichment... 75
Supplementary Table 19. sod genes identified in teleost genomes. The Genbank accession number is indicated for each sod gene 76
Supplementary Table 20. Circadian rhythm-related genes identified in teleost genomes. The location of each gene in each chromosome or scaffold is noted for each gene. Chromosomal location... 77
Supplementary Table 21. The number of olfactory receptor genes in 6 teleost species 79
보충그림목차
Supplementary Figure 1. Photograph of a female specimen of the Antarctic blackfin icefish, Chaenocephalus aceratus 80
Supplementary Figure 2. Sampling sites for Antarctic blackfin icefish. Red dots represent sampling points 81
Supplementary Figure 3. Estimation of genome size by K-mer analysis. Genome size was calculated as total error-corrected Pacbio sequence. The estimated genome size of C. aceratus is 1.1Gb... 82
Supplementary Figure 4. Genetic linkage map for the blackfin icefish 83
Supplementary Figure 5. Synteny of C. aceratus chromosomes with those of other teleosts. a. Analysis of gene content suggests a one-to-one correspondence between icefish and sea bass... 84
Supplementary Figure 6. Conservation of gene order between orthologous icefish and sea bass chromosomes. a, icefish LG1. b, icefish LG9. c, icefish LG16. d, icefish LG20. Lines connecting... 85
Supplementary Figure 7. Divergence time estimation of teleost fish. Blue bars depict 95% highest posterior density (HPD) time estimates (time scale: Mya) 86
Supplementary Figure 8. Venn diagram of orthologous gene clusters for five teleost fishes 87
Supplementary Figure 9. Conserved syntenies for zpc3 and zpc5 genes identified in the icefish genome. The icefish zpc3 and zpc5 are tandemly duplicated in a contig Ice_000114 88
Supplementary Figure 10. Transcriptional profile of zona pellucida (zp) protein family genes in blackfin icefish organs. The transcriptional profile of zp genes was measured in twelve organs of icefish... 89
Supplementary Figure 11. Syntenic comparisons of icefish globin gene clusters. Teleosts have two globin gene clusters. The LA cluster, which encodes both hemoglobin α- and β-subunits, is adjacent... 90
Supplementary Figure 12. Syntenic comparison of myoglobin and cytoglobin genes identified in icefish genome. Genomic structure and syntenic comparison of a. cytoglobin (cygb1) b. cygb2,... 91
Supplementary Figure 13. Expansion of NAD(P)H quinone dehydrogenase 1 (nqo1) genes in the icefish genome. Comparison of genomic structure, synteny, and phylogenetic relationship of icefish nqo1... 92
Supplementary Figure 14. The 8-oxoguanine DNA glycosylase (ogg1) gene is duplicated in the icefish genome. Other teleost genomes contain a single gene 93
Supplementary Figure 15. Percentages of TEs, DNA transposons, LTR, LINE, and SINE retrotransposons, in different teleost genomes. The amounts of DNA transposons, LTR, LINE, and SINE... 94
Supplementary Figure 16. Diversity and abundance of TE superfamilies in teleosts. Presence or absence of TE superfamilies was determined using automatic annotation, manual verification, and... 95
Supplementary Figure 17. Kimura distance-based copy divergence analysis2 of transposable elements in teleost genomes. Graphs represent genome coverage (Y-axis) for each type of TE... 96