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Title Page
Abstract
Contents
Introduction 9
Materials and Methods 17
1. Plant materials and Total DNA extraction 17
2. Chloroplast genome sequencing and assembling 20
3. Annotation of complete chloroplast genome 20
4. Comparative analysis of chloroplast genomes 21
5. Analysis of Ka/Ks 22
6. Phylogenetic analysis 22
Results 24
1. Chloroplast genomes 24
2. Confirmation of chloroplast genes 30
3. IR Junction Comparison 38
4. Ratio of Ka and Ks 40
5. Phylogenetic analysis 55
Discussion 57
Conclusion 63
References 65
Appendix 78
Appendix I ~ IX. Complete chloroplast genome maps of Asparagaceae s.l. 78
Appendix X. Features of genome assembly from NGS data among families 88
Appendix XI ~ XVI. Sequence variations of each gene 90
국문초록 100
Table 1. The previous classification system of Asparagales. 16
Table 2. The list of samples with local name and voucher information. 19
Table 3. Comparison of Chloroplast genome sequence features 27
Table 4. Gene content in the chloroplast genomes of Maianthemum bicolor,... 28
Table 5. The list of samples from Lomandroideae. 32
Table 6. Comparison of genomic events in three families. 37
Table 7. The rates of non-synonymous substitution (Ks) among fourteen species. 41
Table 8. The rates of synonymous substitution (Ka) among fourteen species. 45
Table 9. The ratio of synonymous substitution (Ka) and non-synonymous substitution (Ks) among fourteen species. 49
Table 10. List of genes which have the highest synonymous substitution (Ka) and... 53
Figure 1. The typical type of the chloroplast genome. 15
Figure 2. Complete chloroplast genome map of Asparagus schoberioides (typical... 26
Figure 3. The alignment of chloroplast genome sequences based on VISTA....[원문불량;p.21] 29
Figure 4. Complete chloroplast genome maps of Cordyline indivisa. Genes... 31
Figure 5. Analysis of trnM-CAU~rbcL region in Cordyline. 33
Figure 6. Sequence variations of clpP gene in Lomandroideae. The orange boxes... 34
Figure 7. Sequence variations of infA gene in three families 35
Figure 8. Sequence variations of rps16 gene in Asparagaceae s.l. The orange boxes show the deleted region of sequences. 36
Figure 9. The IR junctions of fourteen chloroplast genomes. The color of each... 39
Figure 10. Ka/Ks ratios of fourteen species according to the function of each gene. 54
Figure 11. The maximum-likelihood (ML) tree inferred from 79 protein coding genes in chloroplast genome. 56
Figure 12. Comparison of phylogenetic relationship among the subfamilies. 62
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