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본 연구에서는 한국산과 중국산 새꼬막(Scapharca subcrenata) 사이의 원산지 판별을 위하여 quantitative real-time PCR (qPCR) 분석을 기반으로 하는 Single-nucleotide polymorphism (SNP) 마커의 primer set를 개발 및 검증하였다. 총 180개의 새꼬막 sample을 genotyping by sequencing으로 분석하여 원산지 판별에 유용할 것이라 판단되는 7개의 후보 MS 마커와 15개의 후보 SNP 마커를 선정하였다. 후보 SNP 마커는 PCR과 sanger sequencing, SYBR green-based qPCR을 통해 원산지별 분리 여부를 확인하였다. 이 중 Insertion 1, SNP 21 마커가 qPCR 증폭 양상에서 집단이 확연히 분리되었으며 예상과 실제 증폭 형태가 일치하였다. 추가적으로 새꼬막을 무작위로 섞어서 진행한 blind test에서 Insertion 1은 새꼬막 100개에 대하여 74%의 정확도, 52%의 민감도, 96%의 특이도를 보였고, SNP 21은 새꼬막 137개에 대하여 86%의 정확도, 79%의 민감도, 93%의 특이도를 보였다. 따라서 개발된 두 개의 SNP 마커는 독립적 또는 복합적으로 사용하면 새꼬막 원산지 판별의 진위 여부를 검증하는 데 유용할 것으로 기대된다.

In this study, we analyzed SNPs that appear between Korean and Chinese Scapharca subcrenata using the nucleotide sequence data of S. subcrenata analyzed by genotyping by sequencing (GBS). To distinguish the country of origin for S. subcrenata in Korean and Chinese, we developed a primer set as single nucleotide polymorphism (SNP) markers for quantitative real-time PCR (qPCR) analysis and validated by sequencing SNPs. A total of 180 samples of S. subcrenata were analyzed by genotyping by sequencing, and 15 candidate SNPs were selected. SNP marker selection for country of origin were identified through real-time qPCR. Insertion 1 and SNP 21 markers showed the most distinct separation between the sequence types as well as the country of origin through qPCR, with the observed amplification patterns matching the expected outcomes.. Additionally, in a blind test conducted by mixing samples of S. subcrenata at random, Insertion 1 showed 74% accuracy, 52% sensitivity, and 96% specificity, and SNP 21 showed 86% accuracy, 79% sensitivity, and 93% specificity. Therefore, the two SNP markers developed are expected to be useful in verifying the authenticity of the country of origin of S. subcrenata when used independently or in combination.

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기사명 저자명 페이지 원문 목차
Protective effect of Rubus crataegifolius extracts against obesity and non-alcoholic fatty liver disease via promotion of AMPK/ACC/CPT-1 pathway in HFD-induced C57BL/6J obese mice = HFD 유도 C57BL/6J 비만 mice에서 AMPK/ACC/CPT-1 경로 촉진을 통한 산딸기 추출물의 비만 및 비알코올성 지방간 질환에 대한 보호 효과 Young Ik Lee, Hui Jin Lee, Su Jin Pyo, Yong Hyun Park, Myng Min Lee, Ho-Yong Sohn, Jin Sook Cho p. 967-977

남극 지의류 Usnea Aurantiaco-atra의 메탄올 추출물의 항염증 및 항암 활성 = Anti-inflammation and anti-cancer activity of methanol extract of Antarctic lichen, Usnea Aurantiaco-atra 서승석 p. 978-986

제주도 한우 집단에서 Galactose mutarotase (GALM) 유전자의 삽입/결실 다형성과 도체형질의 연관성 분석 = Associations between insertion/deletion polymorphisms in Galactose Mutarotase and carcass traits in the Hanwoo population of Jeju Island 김유경, 이종안, 신상민, 고응규, 유지현, 원미영 p. 987-994

마방에서 음악장르에 따른 Jeju crossbred의 스트레스 변화 연구 = Effects of different music genres on the stress levels of Jeju crossbred horses 장윤정, 최재영, 이종안, 강용준, 김나영, 윤민중, 신문철, 신상민, 선상수, 이지웅 p. 995-1001

HepG2 세포에서 대계 추출물에 의한 산화적 스트레스 유발 세포 손상의 억제 = Attenuation of oxidative stress–induced HepG2 cellular damage by Cirsium japonicum root extract 하다정, 김서휘, 손변우, 진명호, 조성우, 홍상훈, 최영현, 박상은 p. 1002-1014

한국 자생 염생식물 추출물의 항산화 활성 및 다재내성 Acinetobacter baumannii에 대한 항생물막 활성 = Antioxidant activity of native Korean halophyte extracts and their anti-biofilm activity against Acinetobacter baumannii 이은성, 박정우, 문기환, 서영완 p. 1015-1024

한국산과 중국산 새꼬막(Scapharca subcrenata)의 원산지 판별을 위한 SNP 마커의 개발 및 검증 = Development and verification of and single nucleotide polymorphism markers to determine country of origin of Korean and Chinese Scapharca subcrenata 최성석, 유승현, 서용배, 김종오, 권익정, 배소희, 김군도 p. 1025-1035

콩잎 추출물의 근위축 개선 효과 = Ameliorative effects of soybean leaf extract on dexamethasone-induced muscle atrophy in C2C12 myotubes and a C57BL/6 mouse model 최혜영, 하영술, 지영호, 하준영, 배환희, 이동열, 정원민, 정동규, 유준일, 김상곤 p. 1036-1045

장애인의 흡연에 영향을 미치는 요인분석 = Impacts of sociocultural factors on smoking among disabled people 연영란, 전동일, 곽이섭, 김혜영 p. 1046-1051

미생물 발효가 흰점박이꽃무지(Protaetia brevitarsis) 유충의 항산화 활성에 미치는 영향 = Effects of microbial fermentation on the antioxidant activities of Protaetia brevitarsis Larvae 김한비, 김혜수, 조수정 p. 1052-1061

스트레스로 유발된 무균 염증이 우울증 발생에 미치는 영향 = Effects of stress-induced sterile inflammation on the development of depression 서미경, 이정구, 석대현, 표세영, 이원희, 박성우 p. 1062-1073

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