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자료명/저자사항
국내 소 및 개에서 분리된 브루셀라 균주의 전장유전체 정보구축 및 비교 유전체 분석 / 농림수산검역검사본부 인기도
발행사항
[안양] : 농림수산검역검사본부, 2012
청구기호
전자형태로만 열람 가능함
형태사항
45장 : 삽화, 표 ; 30 cm
제어번호
MONO1201217163
주기사항
연구결과보고서
주관연구기관: (주)마크로젠
주관연구책임자: 김형태
단면인쇄임
원문
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표제지

제출문

목차

I. 연구개발결과 요약문 6

연구결과보고서 요약문 6

Summary 7

II. 총괄연구개발과제 연구결과 8

제1장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 목표 8

1.1. 총괄연구개발과제의 목표 8

1.2. 총괄연구개발과제의 목표달성도 9

1.3. 국내·외 기술개발 현황 9

제2장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 내용 및 방법 10

2.1. 연구내용 10

2.2. 연구방법 10

제3장 총괄연구개발과제의 최종 연구개발 결과 17

3.1. Draft sequence를 얻기 위한 차세대 염기서열 분석기를 이용한 결과 17

3.2. GS-FLX Titanium 2차 Run Paired End(Mate-pair) sequencing 17

3.3. Mate paired-end sequence를 이용한 Annotation 정보 20

3.4. Draft + Mate paired-end sequence를 이용한 Scaffold 정보 22

3.5. Gap filling 26

3.6. 유전체 염기서열 정보 완성 27

3.7. Annotation 완료 27

3.7. DB 구성 및 비교유전체학적 비교 분석 및 응용 software 구축 38

제4장 총괄연구개발과제의 연구결과 고찰 및 결론 43

제5장 총괄연구개발과제의 연구성과 44

5.1. 활용성과 44

5.2. 활용계획 45

제6장 기타 중요변경사항 45

제7장 참고문헌 46

제8장 첨부서류 46

총괄 연구과제 요약[개인신상정보 삭제] 47

초록보기 더보기

과제명 "국내 소 및 개에서 분리된 브루셀라 균주의 전장 유전체 정보 구축 및 비교 유전체 분석"에서 1차년도의 목표는 국내 분리 브로셀라균주(B. abortus 2종, B. canis 1종)에서 전체염기서열에 대해서 draft sequence data 구축과 1차 annotation이다.

이를 위해서 브루셀라 3균주에 대해서 각각 20X coverage로 pyrosequencing을 수행하여 각각 44, 56, 50개의 contigs를 얻었다. 이들의 annotation으로부터 균주가 비교적 순수하게 분리되었고 sequencing 결과가 잘 나왔다는 것을 밝혔다. 또한 이들의 contigs의 ordering을 위하여 각각 3kb mate-paired library를 제작한 후 pyrosequencing을 하여 각각 6개의 scaffold를 얻었다.

2차년도의 목표는 1차년도에서 얻은 draft sequence data에 대해 gap filling, Assemble 오류 확인, Consensus sequence의 정확도 개선 등을 수행하여 유전체 염기서열 정보를 완성하고, 유전자 예측 프로그램을 이용한 CDSs 예측 및 COGs DB등 기존의 서열들과의 비교를 통한 유전자 기능을 예측하여 데이터 베이스를 구축하는 것이다. 또한 완성된 전장 유전체 염기서열과 기존의 보고된 Brucella 균주와의 비교 유전체학적 분석을 수행하여 국내외 과학자들이 이 연구를 이용할 수 있게 하는 것이다. 1차년도 결과를 바탕으로 Gap의 위치를 확인하여 PCR과 sequencing을 통하여 Gap filling을 수행하여, 완전한 전장 유전체 염기서열을 완성하였다. 완성된 염기서열을 이용하여 CDS 예측, COG 및 Genebank DB 등 여러 DB와 비교하여 annotation을 성공적으로 수행하였다. 또한 이들 정보들을 GeneBank에 Brucella 염기서열정보 및 annotation 결과들을 등록하여 국내외 과학자들이 이용할 수 있도록 하였다. 이 연구 결과들은 전문학술지(SCI)인 Journal of Bacteriology(imfactor factor 5)에 2편의 논문들을 투고할 예정에 있다.

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