본 논문은 칼빈의 작품들을 통하여 그가 생각하는 교회의 형성 발전을 연구하였다. 그리고 칼빈에 의해 체계화된 개혁주의 신학과 신앙을 계승하고 있는 화란 개혁교회(자유파), 호주 자유개혁교회, 캐나다 개혁교회, 한국 장로교회가 동일한 직제를 가지고 있는지를 비교 연구하였다. 칼빈이 가지고 있는 교회 직제에 대한 사상이 무엇인가를 알 수 있는 한 가지 방법은 그 작품을 연대기적으로 추적 연구하는 것이다.
교회 직제에 대한 칼빈의 사상은 처음부터 질서정연하게 설명된 것은 아니었다. 칼빈이 생각하는 교회 직제는 상황과 성경사이에서 발전해 나갔다. 그는 「기독교 강요」 초판에서 목사와 집사 직분에 대해 언급하면서 목사의 직분에 대해 많은 부분을 할애하였지만 성경적 근거를 제시하고 있지 않았다. 1537년의 「제네바교회 규정서」 에서 목사와 함께 시민들의 삶을 감독할 감독자들을 임명하도록 제안한다. 칼빈은 이 감독들의 직무가 치리장로와 동일하지만 장로라는 명칭을 사용하지 않는다. 칼빈은 1537년까지 목사직과 구별된 평신도 장로직을 성경에 근거한 직분으로 보지 않고, 제네바교회의 개혁을 위한 상황적 필요로만 보았다. 칼빈에게 있어서 평신도가 교회의 사역자로 확정되는 것은 1541년의 「제네바교회 규정서」 에서였다. 비록 칼빈이 장로에 대한 분명한 성경적 근거를 제시하지 않고 있지만, 그의 신학사상에 큰 변화와 발전이 있었다. 칼빈은 1543년에 이르러 그의 「기독교 강요」 에서 장로에 대한 신학적 이론을 전개한다. 그리고 그는 「기독교 강요」 (1559) 최종판에 세 가지 직분에 대한 성경적인 증거들을 확실히 제시한다. 그리고 1561년에 개정된 「제네바교회 규정서」 는 칼빈주의의 진정한 영적인 분위기를 보여주고 있다.
본 논문은 칼빈이 성경과 교부들의 가르침을 따라서 직제의 개혁을 위해 한평생 투쟁하며 살아왔음을 밝힘으로써 결국 칼빈의 직제가 성경의 직제임을 밝혔다. 그리고 칼빈에 의해 체계화된 개혁주의 신학과 신앙을 계승하고 있는 화란 개혁교회, 호주 자유개혁교회, 캐나다 개혁교회의 직제들이 성경과 칼빈의 전통에 더 가깝게 서 있음을 밝혔다. 그리고 한국 장로교회(합동)는 성경과 개혁교회의 전통에 없는 직분들이 있고, 그것들의 문제점이 무엇인가를 밝혔다.
그러므로 본 연구에서는 한국 장로교회에게 몇 가지를 제안하였다. 첫째, 교회의 직분은 항상 일(사역)과 관련이 있다는 것을 인식해야 해야 할 것을 제안하였다. 둘째, 교회의 모든 직분은 은사를 따라 부르심을 받은 봉사직이라는 것을 인식해야 한다는 것을 제안하였다. 셋째, 교회의 직분자들을 세울 때에 직분자들의 직무에 대한 올바른 인식을 고취시켜야 한다는 것을 제안하였다. 넷째, 성경과 개혁주이 전통에 따르지 않는 직분들에 대한 헌법적 정비가 있어야 한다는 것을 제안하였다. 다섯째, 목사와 장로의 갈등 문제의 해결은 교회의 모든 직임이 평등하다는 정신이 있을 때에만 가능하다는 것을 인식해야 한다는 것을 제안하였다.
이러한 제안들과 함께 종교개혁자 칼빈이 투쟁을 하면서 성경을 따라서 회복한 직제가, 성경에 근거하여 세워놓은 직제인 것을 바로 인식하고, 종교개혁 정신으로 돌아갈 때에만 한국 장로교회의 미래는 소망이 있을 것이다.