합병과 완전지배는 경제적 실질이 동일하기에, 조세의 중립성을 확보하기 위해서는 세제간에 정합성이 있어야 한다는 가정 하에, 한국의 합병세제와 완전지배세제를 정합성 측면에서 검토하였다. 이어 일본의 합병세제와 완전지배세제의 정합성과의 비교·검토를 통하여 한국 세제의 정합성 측면에서 다음과 같은 개선방안을 제시하였다.
첫째, 완전지배 획득시점에 완전지배자법인의 자산 및 부채는 시가평가를 원칙으로 하고 예외적으로 장부가로 평가한다. 둘째, 완전지배 획득시점에 발생하는 취득대가와 순자산가액과의 차이를 합병과 동일한 방식으로 조정해야 한다. 셋째, 주식의 처분가액과 취득가액의 차이를 양도손익과 배당으로 과세하는 것을 원칙으로 해야 한다. 넷째, 연결납세를 적용하는 경우 연결자법인의 이월결손금은 소멸하는 것을 원칙으로 하고, 예외적으로 완전지배 획득시점에 장부가액으로 평가하는 경우에 한하여 이월결손금을 승계하는 것을 허용해야 한다. 다섯째, 완전지배 개별납세 적용시 내부거래손익은 제거하지 않는다. 여섯째, 연결납세 적용시 내재손실은 완전지배 획득시점에 자산 및 부채를 장부가액으로 평가하는 경우에 한하여, 이월결손금으로 간주하여 이후 법인의 소득금액을 한도로 손금에 산입하는 것이 타당하다. 일곱째, 완전지배의 경우 완전지배모법인의 투자주식 장부가액은 완전지배자법인의 이익잉여금 변동에 따라 수정해야 한다.