2016년 말 현재 우리나라는 부담금 90개를 통해 20조원을 징수 중이다. 부담금은 수익자 및 원인자 부담 원칙에 부합될 뿐만 아니라 행태 변화를 유도함으로써 정책 목표를 달성하는 데에도 유리하다는 특징 때문에 향후 그 규모가 더욱 커질 것으로 보인다. 하지만 지금까지의 부담금 연구들은 주로 요율 결정이나 제도 개선에 더 큰 관심을 기울여 왔고, 실제 부과·징수 자료를 이용한 경제학적인 분석은 드물었다. 본 논문에서는 환경부 소관 18개 부담금 중에서 특히 생태계보전협력금의 체납 특성을 실증 분석하였다. 이를 위해 협력금 징수를 대행하는 17개 광역지자체들의 2012~15년 기간에 걸친 부과·징수 미시내역 2,600건을 확보하였다. 체납 확률을 가늠하기 위한 이항로짓 회귀모형 추정한 결과, 부과액이 커질수록 그리고 사업자가 민간인 경우에 체납 가능성이 높아지는 것으로 나타났다. 또한 OLS를 이용하여 체납액 크기에 영향을 주는 요인을 분석한 결과, 사업규모, 사업자성격(민간), 납부소요일이 체납액에 양(+)의 영향을 주는 것으로 나타났다. 그리고 생태계훼손 단위면적(제곱미터)당 부과하는 협력금 요율이 250원에서 300원으로 인상된 2015년에 대한 회귀분석 결과는 분납이 체납규모를 대폭 감소시키는 것으로 나타났다. 이러한 결과를 고려할 때, 협력금 체납을 줄이기 위해서는 분납제도의 확대, 특정 유형 민간 사업자들에 대한 관리·감독 강화, 체납기간에 비례한 중가산금제도 도입을 정책적으로 고려할 필요가 있다.