요한복음에는 '교회'(εκκλησiα)라는 단어에 대한 직접적 언급이 없을 뿐만 아니라 공관복음에서 교회에 관하여 가르칠 때 사용된 '하나님 나라'라는 개념도 요한복음에서는 그 쓰임새가 다르다. 그렇다고 해서 요한복음에 교회론이 없는 것은 아니다. 교회를 '예수님을 믿는 자들의 모임이 가진 공동체적인 본질'이라고 정의할 때, 요한복음에 나타난 교회론적 개념들은 요한복음의 교회론을 발견할 수 있도록 해준다.
요한복음에는 '목자와 양', '농부와 포도나무'와 같은 교회론적 이미지들과 '하나님의 아들', '하나님의 자녀' 등과 같은 교회론적 관계어들, 그리고 '사랑', '하나 됨'과 같은 교회론적 관계성들이 많이 등장한다. 이는 구약성경과 예수님 당시의 가족 개념을 배경으로 한 것으로 이런 개념들을 주제중심으로 분석하고 주석할 때 요한복음에 나타난 교회론을 찾을 수 있다.
요한복음에는 하나님의 가족공동체로서의 교회론이 나타나 있다. '하나님의 가족 공동체로서의 교회'는 '성령님의 역사로 인해 예수님을 주와 그리스도로 믿고, 맏아들이신 예수님과 연합하여 하나님을 한 아버지로 모시며, 서로 사랑함으로 하나 됨을 이루어 세상에 또 다른 영적인 가족을 창조하는 교회'를 말한다.
사도 요한은 밖으로는 로마의 박해와 유대교의 출교, 그리고 이방사회의 따돌림을 겪고 있고, 안으로는 기독론에 대한 신앙관의 차이로 인해 갈등과 분열의 위기를 안고 있는 요한공동체에 하나님의 가족공동체로서의 교회론을 제시하였다.