Coagulase-negative Staphylococcus(CNS)는 여러 나라의 발효 발효식품에서 우점종으로 발견되는 미생물이다. 식품에서 유래한 CNS 는 일반적으로 비병원성으로 간주되지만, 사람과 동물의 피부 감염으로부터 CNS 가 분리되는 논문들과 식중독균인 황색포도상구균과 같은 속에 속하기 때문에 안전성은 여전히 불확실하다. 따라서, 식품에서 유래한 CNS 의 안전성을 증명하기 위하여 이들의 유전적 비교와 항생제내성 유전자의 발현 및 수평적 전달에 대한 특성을 규명하고자 한다. 우선, 식품에서 유래한 CNS 간의 유전적 차이를 밝히기 위해 5 가지 종의 10 균주(S. carnosus (2 균주), S. equorum (2 균주), S. succinus (3 균주), S. xylosus (2 균주), 그리고 S. saprophyticus (1 균주))에 대한 pan-genome 분석을 수행했습니다. Pan-유전자의 크기는 새로운 변종마다 증가하며 현재 10 개의 게놈에서 약 4,500 개의 유전자를 보유하고 있었으나, 종에 의존하지 않는 것으로 나타났다. 균주 특이적인 유전자는 대부분 unknown 유전자, 제한 변형 효소, 트랜스포제 또는 프로파지였다. 우리의 결과는 균주 특이적인 유전자들은 개별적으로 진화과정 중에 획득되거나 상실되었다는 것을 보여준다. 결론적으로 이 실험에서 사용된 균주들의 유전체에서 독성 유전자 및 병원성과 관련된 유전자는 확인되지 않았다. 두번째로 항생제의 노출에 있어서 S. equorum KM1031 의 유전자 발현 양상을 확인하기 위해서, RNA 염기서열을 사용하여 S. equorum 의 유전자 발현 프로파일을 분석했다. 클로람페니콜, 에리트로마이신 및 린코마이신에서는 KM1031 유전자의 8.3%, 16.0%, 2.9%가 각각 2 배 이상의 발현 차이를 보였다. 세 가지 항생제는 exporter 와 관련된 유전자와 운반체 관련 유전자의 발현량이 낮게 나타났다. 또한, 세 가지 항생제는 염분 내성과 관련된 유전자들의 발현양이 증가하였다. 3 종의 항생제 내성과 관련된 특이 유전자를 확인하기 위해 3 종의 항생제에 대한 민감한 S. equorum 균주들과 유전체 비교분석을 통해 KM1031 특이 유전자를 확인하였다. 클로람페니콜 저항성의 경우 abm(AWC34_RS01805)을, 에리트로마이신 저항성의 경우 msr(AWC34_RS111115)을, 린코마이신 저항 유전자의 경우 lnuA(AWC34_RS13300)를 각각 선택했다. 이러한 유전자들은 특정 항생제에 의해 발현되었으며, 특히 에리트로마이신은 4 배 이상의 msr 유전자를 발현시켰다. 해당 실험을 통해 항생제에 영향을 받는 일반적인 유전자와 항생제에 특이적인 유전자를 확인하였으며, RNA 시퀀싱의 이러한 전사 결과는 정량적 실시간 PCR 에 의해 검증되었다. 이 전사체 분석은 항생제 스트레스 반응의 유전적 증거를 제공할 수 있다. 마지막으로 수평 유전자 전달을 위한 relaxase 유전자를 보유하고 있으며, 린코마이신 내성 유전자를 포함하는 플라스미드 pSELNU1 을 포함하는 S. equorum KS1030 을 사용하여 수평적 전이를 조사하였다. 수용균주로는 테트라사이틀린에 저항성을 보이는 S. saprophysicus 를 사용하였다. 콩 발효 동안, pSELNU1은 린코마이신을 넣은 곳에서 1.9 X 10−5 - 5.6 X 10−6 의 비율로 S. saprophyticus 로 전달되었다. 그러나, 뮤린 내장을 통과하는 동안, 플라스미드는 린코마이신이 없는 상태에서 유사한 속도(수신자당 1.3 X 10-5)로 전달되었으며, 이는 플라스미드 전달이 생체내 조건 하에서 훨씬 더 효율적이라는 것을 나타낸다. 이러한 결과에 기초하여, 우리는 항생제 내성 유전자를 포함하는 이동성 유전 요소의 존재에 대해 식품 발효 시작 후보들을 조사하고 이러한 유전자들이 결여된 후보들을 선택하는 것이 신중 하다는 결론을 내린다.