표제지
목차
ABSTRACT 9
Ⅰ. 서론 12
1. 주조직적합성복합체 12
1) 주조직적합성복합체의 기능 및 특성 12
2) 주조직적합성복합체 유전자 14
3) 주조직적합성복합체 단백질의 구조 18
2. 포유동물 주조직적합성복합체 면역유전학 연구사 21
3. 연구 목적 23
Ⅱ. 재료 및 방법 25
1. DNA 서열의 확보 25
2. DNA 및 아미노산 서열의 정렬 28
3. 계통수 분석 28
4. 보존적(consensus) 아미노산 서열의 결정 및 유전적 거리 분석 28
5. 단백질 아미노산 서열의 보존율과 염기 치환율의 계산 30
6. 유전자 분기 시기(divergence time)의 추정 30
Ⅲ. 결과 32
1. 돼지, 소, 사람 및 침팬지 MHC 클래스 I 대립유전자 서열의 종간 유사성 및 다형성 32
2. 돼지, 소, 사람 및 침팬지 MHC 클래스 I 대립유전자 서열의 계통분류학적 연관성 및 차별성 37
3. 계통발생학적 lineage 에 따른 MHC 클래스 I 유전자의 항원 결합 영역 서열 다형성의 종간 비교 42
4. 우제류 및 영장류 간의 MHC 클래스 I 유전자 epitope binding region 서열 다형성 비교 49
5. 우제류와 영장류 MHC 유전자의 계통유전학적 분기 시기의 추정 53
6. 양성선택(positive selection)에 의한 우제류 및 영장류 MHC 클래스 I 유전자 epitope binding region의 진화 57
Ⅳ. 고찰 59
참고문헌 68
부록 81
국문초록 98
〈표1〉 돼지, 소, 양, 침팬지 및 사람 MHC 클래스 I 유전자의 각 종별, 좌위별 대립유전자 수 26
〈표2〉 돼지, 소, 양, 침팬지 및 사람 MHC 클래스 II 유전자의 각 종별, 좌위별 대립유전자 수 27
〈표3〉 돼지, 소, 침팬지 및 사람 MHC 클래스 I 대립유전자 엑손 2 및 엑손 3 DNA 서열의 좌위간 다양성 비교 34
〈표4〉 돼지, 소, 침팬지, 사람 MHC 클래스 I 유전자의 exon 2 및 exon3 영역 아미노산 서열의 pairwise comparison 35
〈표5〉 돼지, 소, 침팬지 및 사람 MHC 클래스 I 대립유전자 펩타이드 비결합지역의 아미노산 다양성 비교 36
〈표6〉 돼지, 소, 침팬지, 사람 MHC 클래스 I 유전자의 각 좌위에 대한 a1 및 a2 도메인 아미노산 서열 다양성 비교 43
〈표7〉 돼지, 소, 양, 침팬지 및 사람 MHC 클래스 I 유전자의 좌위별 변이 수와 Ka/Ks 비율 비교 45
〈표8〉 돼지, 소, 침팬지 및 사람 MHC 클래스 I 대립유전자별 a1 및 a2 도메인의 아미노산 보존율 47
〈그림1〉 돼지, 소, 침팬지, 사람의 MHC 클래스 I 유전자 exon 2 및 exon 3 아미노산 서열에 대한 계통수. 초록색은 소, 파랑색은 돼지,... 39
〈그림2〉 돼지, 소, 침팬지, 사람의 MHC 클래스 I 유전자 exon 1 및 exon 4~8 아미노산 서열에 대한 계통수. 초록색은 소, 파랑색은 돼지,... 41
〈그림3〉 돼지, 소, 양, 침팬지, 사람의 MHC 클래스 I 유전자에 대한 binding pocket 별 다양성 비교 (A) Shannon diversity index 를 사용하여 MHC 클래스 I 아미노산 서열에 대한 6개의 binding pocket 에 대한... 44
〈그림4〉 돼지, 소, 침팬지 및 사람 MHC 클래스 I 대립유전자의 펩타이드 결합지역의 아미노산 보존율 비교 (A) 각 좌위 별로 선정된 20개의 대립유전자 서열에 대한 아미노산 위치 별 아미노산 빈도를 계산함. 각 좌위의... 48
〈그림5〉 돼지, 소, 침팬지, 사람 MHC 클래스 I 유전자의 exon 1~8 영역 아미노산 서열 보존율 (Part 1). 분홍색은 아미노산 보존율 100%를... 50
〈그림6〉 돼지, 소, 침팬지, 사람 MHC 클래스 I 대립유전자 exon 2 및 exon 3 영역의 좌위별 아미노산 서열 보존도. 위의 그래프는 서열 보존성 나타냄. 아래의 그림은 MHC 단백질 3차구조를 나타냄. 펩타이드 결합포켓 A-F... 52
〈그림6〉 돼지, 소, 양, 침팬지, 사람의 MHC 클래스 I 유전자에 대한 분기시점의 추정. 동일한 클러스터에 위치한 유전자 또는 대립유전자의... 54
〈그림8〉 돼지, 소, 양, 침팬지, 사람의 MHC 클래스 II 유전자에 대한 분기시점의 추정. 동일한 클러스터에 위치한 유전자 또는 대립유전자의... 56