바이오플락 기술이 메기와 뱀장어 양식 시 생산성, 수질, 장 내 미생물 군집에 미치는 영향에 대해 알아보기 위하여 본 연구를 진행하였다. 수조 당 메기 450미와 뱀장어 50미를 공시하였으며, BFT 처리에 따른 양식 전과 후의 수질, 어류 성장성, 사육수 및 장내 미생물 군집변화 특성에 대해 조사하였다. 메기 및 뱀장어 입식 후, 두 어종 모두 BFT 처리구의 아질산성 질소 (NO2--N) 및 암모니아성 질소 (NH4+-N)는 1mg/L 이하로 안정적으로 유지되었으며, 질산성 질소 (NO3--N)는 BFT 처리구에서 지속적으로 증가하는 모습을 보였다. 메기 및 뱀장어의 성장성 지표는 BFT 처리구에서 대체적으로 높았으며, 메기의 경우 체장, 체중, 사육밀도 등 대부분의 지표에서 유의적으로 높은 수치를 보였다(p<0.05). 뱀장어와 메기 둘 모두 장 샘플에서 Firmicutes 문이 우점하고 있었고, 사육수에서는 Proteobacteria, Bacteroidetes, Fusobacteria, Firmicutes 문이 우점하였다. 장내 균총의 Firmicutes/Bacteroidetes 비율은 0주에 비해 BFT 처리구에서 증가하는 모습을 보였으며 이는 성장성 개선에 긍정적인 영향을 미친 것으로 사료된다. 뱀장어 장 샘플에서는 94±35.76 ~ 293±69.63 범위의 OTU가 검츨되었으며 메기의 경우 233.67±125.3 ~ 353.3±159.82 OTU가 발견되었다. 또한 BFT 뱀장어 장 샘플은 36~75종, BFT 메기 장 샘플은 72~145종의 고유한 미생물이 발견되었다. LEfSe 분석 결과, 뱀장어의 경우 BFT 0주차, 4주차 사육수는 각각 9종, 0주차 장 샘플은 5종, BFT 4주차 장 샘플은 4종이 바이오마커로 검출되었으며, 메기의 경우 BFT 0주차 사육수가 5종, BFT 4주차 사육수는 2종, 0주차 장 샘플은 4종, BFT 4주차 장 샘플은 2종이 바이오마커로 검출되었다. 전반적으로, 뱀장어 및 메기 사육 시 BFT 시스템의 적용은 수질, 성장성 및 장내 유익미생물 증가에 긍정적인 영향을 미치는 것으로 사료된다.