최근 대법원은 구 법인세법 제98조의4와 같은 법 제98조의6에 대한 해석론과 관련하여 국외투자기구도 소득의 실질귀속자가 될 수 있다고 설시하였고, 입법자도 법인세법 제93조의2 제1항 개정을 통해 대법원과 같은 입장임을 확인한 것으로 보인다. 국외투자기구를 실질귀속자로 볼 수 없다고 해석하는 경우, 기존 대법원 판례의 법리와 배치될 뿐만 아니라 일의적으로 국외투자기구의 상위투자자를 실질귀속자로 보게 되면, 조세조약을 통한 조세회피가 용이해진다는 점에서 타당하지 않다.
조세심판원은 국제조세 사건의 특수성으로 인해 소득의 실질귀속자에 대해 섣불리 판단하기 보다는 재조사 결정을 통해 과세관청으로 하여금 재차 사실관계를 확실히 할 것을 요청하는 경우가 빈번하다. 다만, 과세관청이 재조사 이후 당초 처분을 유지하는 경우, 납세자는 소송의 장기화로 인해 사실상 가산세 등의 부담이 늘어날 수 있다는 점에서 납세자에게 소송상 불이익이 존재한다. 또한, 조세심판원이 구체적 사실관계를 추가로 재조사하라는 취지의 재조사 결정은 부과처분의 적법성에 대한 입증책임이 과세관청에 있다는 점을 고려할 때, 바람직하지 않다. 조세심판원은 재조사 결정을 하는 경우, 가산세 부과처분에 대해서 만큼은 취소하는 주문을 병기하는 방향을 적극적으로 고려할 필요가 있다.
과세관청은 국외투자기구의 상위투자자들이 비과세·면제·제한세율 적용신청서를 제출한 바 없음에도 불구하고, 재조사 등을 통해 국외투자기구의 상위투자자가 소득의 실질귀속자라는 점을 전제로 조세조약을 적용하여 직권으로 일부 처분을 취소하거나 재처분하기도 한다. 과세관청이 행정처분의 주체로서 공권력 행사의 재량권이 있다는 점은 분명하지만, 이와 같은 조세행정은 법인세법상 비과세·면제·제한세율 적용신청서 제출을 요식화한다는 측면에서 옳지 않다. 따라서, 과세관청은 국외투자기구의 상위투자자로부터 법인세법상 비과세·면제·제한세율 적용신청서를 받은 후에 그와 같은 처분을 하는 것이 옳다.