주요 식중독균 중 하나인 Salmonella enterica subsp. Enterica serotype Enteritidis (SE)는 계육이나 계란에 오염되어 공중보건학적으로 문제가 되고 있다. 본 연구에서는 2022년 한국의 한 육용종계 계열화 회사에서 29개의 SE 분리주에 대한 전장유전체분석(WGS)을 수행했다. 29개의 SE 분리주 중 3개는 GPS(원종계) 농장, 13개는 PS(종계) 농장, 10개는 부화장, 1개는 실험실, 그리고 2개는 닭 운송 차량에서 분리되었다. WGS 데이터를 활용하여 SE 분리주 내에 존재하는 항생제 내성 유전자, 염색체 돌연변이, 플라스미드, 및 병원성 유전자를 분석하였다. 또, single nucleotide polymorphism (SNP)을 통해 분리주들의 유전계통학적 분석을 진행하였다. 모든 분리주는 아미노글리코사이드 항생제 내성 유전자 aac(6')-Iaa를 갖고 있었으며, 3개의 분리주는 2개 이상의 항생제 내성 유전자를 보유하고 있다. 염색체 돌연변이는 gyrA와 acrB 유전자에서 발견되었다. 모든 분리주는 동일한 병원성 유전자 패턴을 보였다. Invasion factors (sop, inv, org, sip, spa, sif, fli, flg), host cell survival effectors (ssa, sse, prg), 그리고 virulence plasmid gene (spv)은 모두 갖고 있었으나 adhesion effect에 관여되는 유전자 중 하나인 pef 만 검출되지 않았다. 25개의 분리주는 IncFIB(S)와 IncFII 플라스미드를 모두 보유하고 있었다. SNP 분석 결과 유래가 다른 두 분리주가 계통발생학적으로 나머지 분리주와 거리가 있는 것으로 나타났다. 나머지 27개의 분리주는 서로 밀접한 관계를 보여 공통 발생원으로부터 SE가 전파되었음을 추측할 수 있다. 본 연구는 전장유전체분석을 통해 육용종계 계열화 회사에서 SE와 관련된 유병율, 유전적 다양성 및 전파 경로에 대한 이해도가 향상됨을 시사한다.