SARS-CoV-2의 주요단백질분해효소(Mpro)는 바이러스 폴리펩타이드 사슬의 11개 부위를 절단하고 바이러스 복제를 위한 필수적인 비구조단백질(NSP)을 생성한다. Mpro는 COVID-19에 대한 중요한 약물 표적이다. 본 연구에서는 NSP4와 NSP5 사이의 기질 펩타이드에 대한 Mpro 단백질 분해 활성을 평가하기 위한 real-time fluorometric turn-on assay system 을 발전시켰다. 실시간 형광 측정 turn-on 분석은 Mpro가 농도 의존적 방식으로 기판 펩타이드를 효율적으로 절단한다는 것을 보여주었다. 개발 분석 시스템은 이전 연구보다 더 정확하고 재현 가능한 결과를 제공한다. 현재까지 Mpro에 대한 대부분의 억제제는 기질 결합을 위한 활성 부위를 표적으로 하고 있다. 활성을 갖기 위해 Mpro는 필수적으로 이량체로 존재해야 한다. 이 연구에서는 Mpro 이량체 계면이 약물 표적으로 작용하는 잠재력을 조사하였다. 이량체 계면은 각 프로토머의 도메인 II와 도메인 III로 형성되며, 이들 중에서 도메인 I의 N-말단 10개 아미노산이 중간에 샌드위치로 형태로 결합되어 있다. 두 프로토머 사이의 이량체 계면에서 N-말단 부분은 약 39%를 차지한다. N-말단 10개의 아미노산을 N10으로써 선택하고 펩타이드를 합성하였다. N10은 밀리몰(millimolar) 농도에서 약 40%의 단백질 분해 활성을 감소시켰다. 또한 N10의 첨가는 Mpro를 이량체 형태에서 더 작은 크기로 변화됨을 확인했다. 따라서 N-말단 서열은 잠재적인 억제제 개발에 도움을 줄 수 있다.