근로시간의 경직성에 대한 논의가 활발하게 진행되면서 근로시간의 유연화 필요성이 대두되었다. 특히, 스타트업은 기존 산업과 달리 창의력과 전문성이 중요시되는 영역으로 업무 가치의 평가가 근로시간보다는 업무의 질과 성과가 중점으로 이루어져야 한다는 인식이 확산되고 있다. 본 연구에서는 스타트업의 업종, 근로시간, 업력, 투자단계 등 사업구조적 요인이 근로기준법상 유연근무제도 중 탄력적 근로시간제 및 선택적 근로시간제 도입 결정 및 유연근로제도 도입 대상인 스타트업 근로자의 만족도에 어떠한 영향을 미치는지 이해하기 위해서 실증분석을 실시하였다. 분석 결과, 스타트업의 사업구조와 유연근무제도 도입 및 근로자 만족도 간의 상관관계가 일부 관찰되었다. 구체적으로 스타트업 유연근무제도 도입 차원에 있어 업력이 스타트업의 선택적 근로시간제 도입에 유의한 영향을 미치는 것으로 나타났다. 스타트업 근로자의 유연근무제도 만족도 측면에서는 근무시간이 탄력적 근로시간제 만족도에 유의한 영향을 미쳤고, 선택적 근로시간제 만족도에는 업력이 유의한 영향을 미쳤다. 이 연구는 스타트업과 근로자를 대상으로 한 대규모 조사를 통해 기존 연구의 한계를 일부 극복하고자 하였으며, 조직의 구조적 상태가 근로기준법상 유연근무제도 도입 여부와 근로자 만족도에 미치는 영향을 밝힘으로써 노동 유연성 확보 방안을 제안하고자 하였다. 이상의 결과는 스타트업의 유연근무제도 운영이 단순한 법적 요건 충족을 넘어서 기업의 목표를 달성하기 위한 전략과 대상 근로자의 삶의 질을 고려하여 운영되어야 하는 근로시간 유연성 확보 방안임을 시사한다. 따라서 스타트업은 자신들의 사업 구조를 면밀히 고려하여 근로시간의 유연성을 제고할 수 있는 적합한 유연근무제 도입 전략을 수립해야 할 것이다.