본고는 공지 물질로부터 이루어지는 의약용도발명의 보호형태, 신규성 및 보호범위를 고찰한 후에, 타당한 보호형태와 보호범위를 생명공학 발전의 고려 하에 검토하였다. 공지의 물질에서 출발하는 제1차 혹은 제2차 의약용도발명의 본질은 의료방법이 산업상 이용가능성의 결여로 특허보호로부터 제외되고, 의약분야에서의 용도발명은 의료방법에 해당되어 역시 그 특허성이 부정되는 상황 하에서 예외적으로 물의 발명으로 인정된다는 점에 있다. 그리고 모든 의약 용도를 포함하는 것으로 넓게 해석하는 결과는 제1차 의약용도발명과 제2차, 제3차 용도발명사이에 이용관계가 성립된다는 점을 고려할 때, 의약용도발명의 보호범위를 해당용도에 한정하는 '....으로 구성된 항생제' 혹은 '...을 포함한 진통제' 등의 구체적 용도가 기재된 형태가 타당한 것으로 여겨진다.
그리고 용도발명은 물질발명으로 더 이상 고려될 수 없는 공지 물질 혹은 다른 목적을 위해 이미 사용되는 물질을 새로운 목적을 위해 사용하는 경우에 인정된다. 이러한 용도발명의 경우에는 최초 출원서에 첨부된 명세서에 물질의 사용에 대한 실시 가능한 기술적 사상이 기재되어야 한다. 이러한 점에서 의약에 관한 용도발명의 경우에 의약적 용도를 뒷받침하기 위한 약리효과는 일반적인 물의 발명과는 달리 최초의 출원서에 기재되어야 하는 것으로 해석하는 것이 타당하다.
마지막으로 물질발명은 원칙적으로 새로운 내·외적인 구성요소, 즉 신규물질의 경우에만 인정된다는 점 및 의약분야에서만 용도발명을 방법발명 대신에 물건발명으로 인정하는 것은 다른 분야에서는 인정되지 않는 특권을 의약분야의 출원인에게만 부여하고 있다는 점을 고려하여, 공지 물질로부터 이루어지는 의약용도발명을 물질발명으로 인정하고자 하는 경우에는 신규성에 대한 입법론적 해결이 요구된다 할 것이다.