우리나라는 현재 미국과의 FTA를 포함하여 5개의 FTA(아세안과의 상품 FTA포함)를 체결하였고, 멕시코, EU, ASEAN 등 6개국과 FTA협상을 진행중이다. 또한 이외에도 중국, MERCOSUR 등과의 FTA협상도 고려중이다. 협상이 진행될수록 가장 절실하게 요구되는 부분은 분쟁해결시스템처럼 기본적 절차가 유사한 분야의 경우에는 FTA협상을 위한 기본 모델이 필요하다는 점이다. 모든 FTA에는 일반적 분쟁해결시스템이 마련되어 있다. 예외적인 경우를 제외하고는 모든 분쟁을 일반적 분쟁해결시스템을 통해 해결하거나, WTO로 가져가게 된다. 그러나 FTA상의 일반적 분쟁해결절차가 어떻게 운영될 수 있는지에 대한 법리적 검토가 필요한 것으로 보인다. 왜냐하면 우리나라를 포함한 많은 국가들이 FTA에 분쟁해결규칙을 하나의 독립된 장에 규정해 놓고 있고, 분쟁해결절차들은 일반적으로 유사하게 규정되어 있지만 구체적인 내용에 있어서는 조금씩 상이한 것으로 보이기 때문이다. 특히 우리나라가 체결한 FTA들에 있어서도 분쟁해결시스템은 그 절차적 유사성에도 불구하고 FTA마다 분쟁해결의 소요기간, 패널의 선정절차, 사적 당사자의 제소권 보장여부, 패널보고서의 이행절차 및 기간 등 많은 차이를 보이고 있다. 따라서 이러한 요소들에 의해 조약간 형평성의 문제가 제기되거나 및 운영상의 혼란이 초래될 우려가 있다. 사적 당사자의 제소권을 금지하고 있는 FTA에 의하면 당연히 소제기는 원천 봉쇄되지만 그렇지 않은 FTA에 의하면 사적 당사자에 의한 소제기가 가능할 수도 있을 것이기 때문이다. 또한 분쟁해결의 소요기간이 FTA마다 다를 경우 FTA와 직·간접적으로 관련이 있는 국민들에게 혼란을 줄 수도 있어 분쟁해결시스템이 주는 법적 안정성, 예견 가능성이 훼손될 수 있다. 물론 협상 대상국이 다르고, 협상국에 따른 협상전략이나, 협상환경 등이 고려되다보면 분쟁해결시스템과 같은 분야에서도 FTA마다 상이한 내용들이 규정될 수밖에 없음은 충분히 이해가 간다. 그럼에도 불구하고 분쟁해결분야는 분쟁해결의 소요기간, 패널의 선정절차, 사적 당사자의 제소권 보장여부 등 FTA마다 달리 규정되어 있는 부분들이 통일화될 수 있는 가능성은 충분한 것으로 보인다. 따라서 우리나라가 독자적으로 FTA 기본모델을 마련하여 FTA의 상대국이 누구이건 간에 분쟁해결의 기본적인 틀이 고려되도록 함으로써 FTA들 간에 절차적 일관성이 유지될 필요가 있는 것으로 보인다.