남북한 의료보장제도의 통합은 분단된 두 지역의 사회통합에 기여하고, 통일한국 건설의 토대로 작용할 것이며, 통일 직후의 불필요한 인구 이동 억제 기능을 할 뿐만 아니라 통일된 복지국가의 재정적 지속가능성을 놓이는 역할을 함으로써 정치·경제적 통일을 완성하는데 기여할 수 있다.
그러나 북한의 보건의료 수준은 남한과 상당한 격차가 있어서 순조로운 통일과정의 장애가 될 수 있는 상태이다. 영아사망율, 모성사망비, 평균수명 등 건강상태와 영양상태 그리고 결핵, 말라리아 등의 환자 수로 파악되는 질병이환 상태는 실로 심각한 상황에 놓여있다.
한편 북한은 사회주의적 국가체제의 특성에 따라 일찍이 공적 의료보장제도를 법제화하였는데 '전반적 무상치료제', '예방의학제도'. '의사담당구역제'를 핵심제도로 하고 있다. 그러나 실질적인 급여 혜택수준으로 평가되는 북한의 의료보장은 의료인력과 시설의 미비, 의료수준의 낙후성 및 계층 간 의료혜택차별화 등의 문제로 상당한 어려움을 겪고 있다.
따라서 통일과정에서 발생할 수 있는 사회적 부작용을 최소화하기 위해서는 남북 간 의료보장 수준 격차의 완화가 필요하며 이런 점에서 보건의료분야 남북교류협력 사업은 의미를 가지고 있다.