우루과이라운드협상을 통해 WT0체제가 수립된 지 약 15년이 되어가는 시점에서 현저한 국제통상규범의 발전을 이룬 보조금협정의 운용 현실을 살펴보고 이행상 문제점을 분석하는 것은 향후 법리적 논의를 전개하고 발전시키는데 유용한 기초를 제공할 수 있다. 특히, 보조금협정이 1995년에서 2007년까지의 기간동안 가장 빈번하게 WTO 분쟁해결에서 제기되는 규범이라는 점은 현 WTO체제에서 보조금협정의 이행과 관련한 문제의 중대성을 극명하게 드러내 주고 있다.
GATT에 비해 WTO에 직접제소가 이루어지는 경우가 현저히 증가하였으나 여전히 분쟁해결절차상 한계와 이행상 문제점이 제기된다. 반면 상계관세를 사용하는 경우 분쟁해결절차상 유리한 점이 있는데 미국의 경우에는 반덤핑관세와 중복 부과 문제를 야기하고 있다. 한편, 보조금 분쟁의 두드러지는 특징으로는 보복성 제소가 빈번하다는 점을 들 수 있다. 상계조치와 관련해서는 미국과 캐나다 간의 분쟁이 주요 분쟁사안으로 제기되고 있다.
향후 보조금정책 환경의 개선을 위해서 조속히 허용보조금 연장에 대한 합의가 이루어져야 할 것으로 보이며, 외환위기와 같은 거시경제적 위급상황에 대한 합리적인 보조금 규범이 마련될 필요가 있다. 또한, 조만간 비시장경제에 대한 상계관세 부과 가능성에 대비하여 제도를 정비해야 할 것으로 보인다.