성과관리 예산회계제도가 2010년부터 모든 학교에 시행되기로 예정된 상황에서, 이 논문에서는 지금까지 학교예산회계의 실태와 문제를 분석해보고, 성과관리 예산회계제도 도입의 의의와 기대효과를 탐색해 보았으며, 이에 기초하여 성과관리 예산회계제도가 학교에 제대로 정착되기 위해서 단위학교 제정에서 남겨진 과제들이 무엇인지 제시해 보았다.
현행 학교예산회계는 품목별 예산편성과 현금주의·단식부기 회계제도가 적용됨에 따라 예산이 사업의 성과와는 무관하게 비효율적으로 배분되고 있으며, 예산운영에의 오해와 불신이 조장되며, 관련자들의 참여도를 높이기 어렵고, 학교의 예산현황을 정확히 알기 어렵다는 문제가 있다. 하지만 사업별 예산제도와 발생주의·복식부기 회계제도도입으로 인해 이러한 문제점들이 상당히 해결될 것으로 기대된다.
성과관리 예산회계제도의 정착을 위해서 앞으로 단위학교 재정에 남겨진 과제로는 학교교육계획서와 예산편성의 밀접한 연계, 세부사업 설정에 대한 단위학교의 자율성 확보, 예산집행과정에서 교원의 적극적 참여, 예산집행의 신축성 제고와 예산집행상황 공개, 사업의 성과를 확인하는 결산 및 자체 재정평가 시행 등을 들 수 있다.