현행 헌법재판소법은 법률에 대한 위헌결정에 있어서 합헌결정과 위헌결정의 두 가지 결정방식만을 규정하고 있지만 헌법불합치결정을 비롯한 변형결정의 의미와 비중은 오히려 더욱 커지고 있다. 이처럼 변형결정이 활발하게 이용되면서 헌법불합치결정과 관련되는 쟁점들에 대한 관심도 높아지고 있다.
한정합헌결정이나 한정위헌결정과는 달리 헌법불합치결정에 대해서는 실질적 위헌이라는 점에 대해 이견을 찾기 어려우며, 그 법적 구속력도 인정하는 것이 일반적이다. 그러나 헌법불합치결정의 성격과 효력의 문제는 결코 간단하지 않다. 헌법재판소가 헌법불합치로 판단한 사안들의 유형이 생각보다 다양하고 복잡할 뿐만 아니라 불합치결정을 내린 이후에 해당 규정을 적용중지할 것인지, 아니면 잠정적용할 것인지가 각기 다르게 나타나고 있으며, 해당 규정에 대한 입법자의 개선의무에 관하여 어떤 조건 내지 시한을 둘 것인지도 상황에 따라 매우 다양한 모습을 보이고 있기 때문이다.
이 논문에서는 이러한 헌법불합치결정의 문제를 정확하게 분석하기 위해서는 변형결정의 유형들 가운데서도 헌법불합치결정이 갖는 특수성을 정리하고, 헌법재판소가 헌법불합치결정을 내리는 다양한 상황을 분석하면서 그것이 헌법재판소의 결정주문에 어떻게 반영되고 있는지를 고찰하였다. 이러한 헌법불합치결정의 주문 유형은 곧 헌법불합치결정의 효력 내지 헌법불합치결정에 따른 해당 법률의 적용시한 문제와 직결되며, 특히 입법자가 법개정 시한을 도과한 경우에는 매우 복잡한 문제가 야기될 수 있다는 점이 확인된다.
그동안 헌법재판소가 헌법불합치결정을 정교하게 사용하기 위하여 많은 노력을 기울였지만, 남은 문제들 또한 간단하지는 않다. 우리의 헌법재판이 한 단계 더 발전하기 위해서는 헌법재판소가 어떤 경우에 헌법불합치결정을 내릴 것이며, 헌법불합치결정을 내릴 때 잠정적용 또는 적용중지를 명하는 기준이 무엇이며, 이와 관련하여 개선입법의 시한을 어떤 경우에 어느 정도까지 설정하는 것이 합리적인지에 대하여 보다 구체적이고 객관적인 기준을 마련하는 것이 필요하다는 점을 확인할 수 있다.