본 연구는 지방교육행정기관의 조직 운영에 대한 자율성이 높아지는 가운데, 시·도교육감 소속의 자율설치 기구인 직속기관 조직 및 인력운영에 대한 실태를 조사하고 개선방안을 도출하는데 목적을 두고 수행되었다. 이를 위해 직속기관 연혁, 인력배치 및 관련 현황조사 자료 수집 및 분석, 담당자 면담 등이 실시되었다. 현재 16개 시·도에 설치된 직속기관은 총219개로서 설치에 대해서는 조례로 정하게 되어 있어 그 종류가 지역별로 매우 상이한 실정이며, 산하기관에 대한 통제가 잘 이루어지지 않아 기구 설치 남설의 우려가 제기되고 있다. 또한 직속기관에 배치된 지방공무원 정원 수와 직급이 지역별로 상이하며, 직속기관은 설치 이후에 교육전문직을 배치하게 되므로 본청과 지역교육청의 교육전문직 부족 현상이 심화될 가능성도 높다. 향후 직속기관의 기능과 역할이 증대될 것이 예상되므로 직속기관 설치와 정원배치 기준에 대해서는 시·도의 자율권을 부여하는 방향을 지향하되, 직속기관의 설치 시에는 교과부 장관과의 협의 과정을 거치거나 자체 인력배치 계획을 중장기적으로 수립하여 운영해야 할 것이다.