2011. 4. 14. 개정되어 2012. 4. 15.부터 시행된 개정상법 제398조는 ① 수범자의 범위를 이사에서 이사, 주요주주 및 그 특수관계자로 확대하였고, ② 중요사실에 대한 개시의무를 명시하고 이사회 승인 결의요건을 이사 3분의 2 이상의 수로 강화하였으며, ③ 거래의 내용과 절차는 공정해야 한다는 요건을 추가하였다.
실무상으로는 어떠한 거래를 행함에 있어 당해 거래가 상법 제398조의 적용을 받는 이사 등의 자기거래에 해당하는지 여부를 먼저 판단하여야 할 것이다. 상법 제398조가 적용되는 거래의 일방 당사자는 이사회 승인이 필요한지 여부가 문제되는 당해 회사이어야 하며, 다른 당사자는 상법 제398조 각 호에서 규정한 이사, 주요주주, 그 특수관계자이어야 함이 원칙이다. 상법 제398조가 정하는 거래에 해당하기 위해서는 동조 각 호의 자가 "자기 또는 제3자의 계산으로" 회사와 거래를 하여야 하는바, 여기에는 각 호의 자가 거래상대방을 대리 또는 대표하거나, 거래상대방의 대표이사로 있는 경우도 포함한다. 종래 판례, 통설은 이른바 간접거래에 대하여도 상법 제398조를 적용하여 왔는 바, 이는 개정상법 하에서도 유지될 것으로 예상된다. 어음·수표행위나 자본거래에 대하여도 원칙적으로 상법 제398조에 따른 이사회 승인을 거쳐야 할 것이나, 약관에 의한 거래나 일상거래 등 이해상충의 우려가 없는 거래에 대하여는 상법 제398조가 적용되지 않는다.
어떠한 거래가 상법 제398조의 거래에 해당하는 경우에는 거래에 관한 중요사실을 개시한 뒤에 행해지는 이사회의 사전 승인 절차를 거쳐야 한다. 이사회의 승인은 주주 전원의 동의 또는 정관에 의한 주주총회의 결의로 갈음할 수 있고, 사후추인도 가능하다. 이사회 승인은 특별이해관계 없는 이사를 제외한 재적이사의 3분의 2 이상의 수의 결의로서 행해져야 하고, 특별이해관계가 있는 이사는 의결권 행사나 심의 참여가 원칙적으로 제한되나, 단순히 심의에 참가한 사실만으로는 이사회 결의가 무효로 되지 않는다. 이사회 승인은 일정한 한도 내에서는 포괄승인도 가능하다.
개정상법 제398조는 거래의 절차상, 내용상 공정성 요건을 추가하였다. 이는 미국 회사법에서와 같이 특별이해관계가 없는 주주나 이사에 의한 승인절차를 거치지 않은 경우에도 거래가 공정한 경우에는 거래가 무효로 되지 않는다는 별도의 안전항으로 기능하지 않고, 심사 및 승인에 참가하는 이사들의 성실심의의무를 주의적으로 재확인하는 의미에 불과한 것으로 해석하는 것이 타당하다. 거래 절차의 공정성은 거래 체결 과정의 공정성과 거래 승인 과정의 공정성을 모두 포함하고, 거래 내용의 공정성은 해당거래가 정상거래(arm's length transaction)인지 여부가 중요하다.
이사회 승인이 없거나, 개시의무를 이행하지 않고 행해진 자기거래의 효력은 상대적 무효이다. 그러나 단순히 거래가 불공정한 것만으로는 거래의 효력에 영향이 없고 이사들의 책임 문제만을 발생시킨다.
상법 제398조를 위반하여 거래를 한 거래상대방인 이사는 회사에 대하여 상법 제399조의 손해배상책임을 지며, 경영판단의 원칙이 적용되지 않고, 정관으로 정하는 바에 따라 손해배상책임을 감경할 수 없다. 반면 이사회에서 해당 거래를 승인한 것에 불과한 이사는 선관주의의무 위반이 인정되는 경우에 한하여 회사에 대하여 상법 제399조의 손해배상책임을 지며, 경영판단의 원칙이 적용되고, 정관으로 정하는 바에 따라 손해배상책임을 감경할 수 있다. 주요주주나 특수관계자는 개시의무의 위반 등의 경우에만 회사에 대하여 민법상 불법행위책임을 부담할 수 있을 뿐이다. 이사가 상법 제398조를 위반한 경우 해임 사유가 되거나 배임죄로 처벌될 수 있다.